Ninja Captains for Nintendo DS erottuu edukkaalla vuoropohjaisella taistelulla ja kiehtovalla tarinalla ninjaklaaneista kilpailemassa hallinnasta. Pelaajat johtavat rohkeiden ninjaklaaniin kuuluva tiimi, jolla on ainutlaatuisia kykyjä ja taustatarinoita, ja kuljettavat läpi rikastetusti suunniteltuja tehtäviä sekä paljastuvia salaliittoja. Pelin maailma havainnollistaa rikkaasti muinaisia kilpailuja ja salaisia tekniikoita, luoden Immersiivisen kokemuksen taktisten RPG- ja ninjatarinoiden faneille.