Suite aux essais nucléaires français dans le sud du Pacifique, une créature inconnue est aperçue en train de passer vers l’est à travers le Canal de Panama. Le scientifique Niko Tatopolous est appelé pour enquêter sur l’affaire, et il conclut rapidement qu’un iguane géant irradié a été créé par les explosions. Godzilla remonte ensuite vers le nord, atterrissant à Manhattan pour commencer à semer le chaos dans la grande ville. Même avec les forces combinées de l’armée américaine pour combattre le monstre, cela suffira-t-il à sauver le peuple de New York ?