Godzilla: Tokyo S.O.S : En 2004, Kiryu subit des modifications de réparation après son combat avec Godzilla un an plus tôt. Le Premier ministre Hayato Igarashi accepte le choix du Directeur Scientifique Yoshito Chujo de remplacer le Canon Absolut Zéro par un Tri-Maser puissant. Les Shobijin (les fées jumelles de Mothra) avertissent le gouvernement japonais que Godzilla continue de revenir au Japon parce qu’ils ont utilisé les os du Godzilla original dans la conception de Kiryu. S’ils remettent les os au fond de la mer, Mothra prendrait volontiers la place de Kiryu pour défendre le Japon, mais s’ils ne le font pas, Mothra déclarera la guerre à l’humanité. Peu après, un Kamoebas, une géante tortue mata mata, est retrouvée échouée sur une plage japonaise. Il est déterminé par les blessures au cou du Kamoebas que Godzilla l’a tuée. Godzilla et Mothra se disputent, mais Godzilla semble avoir le dessus. Les réparations finies juste à temps, Kiryu parvient à égaliser les chances, mais Godzilla parvient encore à mettre à terre Kiryu et Mothra. Pendant ce temps, sur l’Île Infant, deux larves jumelles de Mothra éclosent de l’œuf de Mothra et se précipitent pour aider leur mère. Alors que Kiryu subit à nouveau des réparations, les larves tentent de tenir Godzilla à distance, mais Mothra se sacrifie en volant dans le trajet du souffle atomique de Godzilla, sauvant les larves. Juste à temps, Yoshito et les humains réparent Kiryu, qui enfonce un foret dans la poitrine de Godzilla, le faisant saigner et rugir de douleur. Les larves commencent à envelopper Godzilla de soie. Juste au moment où le pilote de Kiryu, Azusa Kisaragi, reçoit l’ordre d’Igarashi de détruire Godzilla avant que le projet Kiryu ne soit abandonné, l’âme de Kiryu se réveille à travers le rugissement de Godzilla. Le cyborg soulève Godzilla et assure sa prise avec des câbles. Kiryu utilise alors ses boosters pour se porter et porter Godzilla jusqu’au fond de l’océan. Dans la scène post-générique du film, dans un lieu non divulgué, un laboratoire est montré, rempli de flacons contenant l’ADN de nombreux kaiju de Toho. Il est indiqué dans la version japonaise par un narrateur annonçant qu’une expérience de « bio-formation » impliquant un « sujet éteint » est sur le point d’avoir lieu, impliquant que le JXSDF prévoit de créer une autre superarme mêlant mécha ou kaiju, ce qui pourrait signifier que Godzilla ou un autre monstre pourrait apparaître à nouveau. Dans la version japonaise, Godzilla et Kiryu sont vus une fois de plus, rugissant alors qu’ils descendent dans l’océan. Godzilla Final Wars : Des années après une attaque initiale de Tokyo en 1954, Godzilla est piégé sous la glace en Antarctique après un combat avec le Gotengo original. Dans les années qui suivent, des catastrophes environnementales entraînent l’apparition de monstres géants et de super-humains, surnomés les « mutants », qui sont ensuite recrutés dans Earth Defense Force (EDF) pour combattre les monstres. Un Gotengo amélioré, commandé par le capitaine Gordon, combat et détruit Manda, mais le navire est répandu dans le processus et son capitaine Douglas Gordon est suspendu de l’EDF. Le soldat mutant Shinichi Ozaki est chargé de protéger une biologiste des Nations Unies, Dr. Miyuki Otonashi, qui est envoyée étudier un monstre momifié. Ils sont téléportés sur Infant Island où ils rencontrent les Shobijin, les fées de Mothra, qui révèlent que le monstre momifié est Gigan, un cyborg étranger envoyé pour détruire la Terre et qui a finalement été vaincu par Mothra. Elles avertissent qu’un combat entre le bien et le mal aura bientôt lieu et qu’Ozaki doit choisir un camp. D’énormes monstres commencent à attaquer plusieurs grandes villes. L’EDF engage les créatures, qui disparaissent mystérieusement au même moment où une planète-mère alien apparaît au-dessus de Tokyo. Les aliens, appelés Xiliens, annoncent qu’une planète entrant dans l’espace appelée « Gorath » va bientôt entrer en collision avec la Terre. Un pacte de paix est signé entre la Terre et les Xiliens. Pendant ce temps, Minilla, le fils de Godzilla, est trouvé dans la forêt par un garçon et son grand-père. Méfiants envers les Xiliens, Ozaki, Miyuki et sa sœur Anna découvrent que Gorath qu’ils ont vu est en fait un hologramme et que les aliens ont remplacé plusieurs membres de l’EDF par des doublons. Après que leur espèce est exposée, tuant son supérieur pour prendre le commandement, le Contrôleur X des Xilien révèle leurs plans d’utiliser les humains comme source de nourriture tout en prenant le contrôle de tous les mutants sauf Ozaki. X a également les monstres placés sous son contrôle et réveille Gigan pour les faire nettoyer l’EDF. Le groupe échappe, avec Gigan qui les poursuit, Gordon les convaincant de se rendre en Antarctique pour libérer Godzilla qui détruit facilement Gigan. Le Gotengo guide ensuite Godzilla dans la bataille contre les autres monstres et revient à Tokyo pour engager les Xiliens. Après avoir pénétré dans le vaisseau-mère, le groupe est capturé et amené devant X alors qu’il a fait apparaître Gorath sur Terre. Bien que Godzilla détruise Gorath juste avant son crash, il libère Monster X et les deux monstres combattent. Un Gigan amélioré aide Monster X, mais est intercepté par Mothra, qui est grièvement blessée tout en parvenant à détruire le cyborg. À bord du vaisseau Xilien, alors qu’un combat éclate et qu’il est incapable de prendre le contrôle des humains à cause de la bénédiction des Shobijins, X révèle que lui et Ozaki sont des êtres supérieurs connus sous le nom de « Keizers ». X est mortellement blessé, mais il déclenche l’autodestruction du navire alors que le groupe retombe sur le Gotengo peu avant que le vaisseau-mère n’explose. Godzilla et Monster X poursuivent leur combat lorsque ce dernier se transforme en sa forme véritable, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah prend initialement l’avantage mais Godzilla émerge victorieux à la fin. Minilla apparaît sur les lieux et convainc Godzilla de ne pas détruire le Gotengo. Les survivants regardent Godzilla et Minilla retourner dans l’océan.