Des gigantesques extraterrestres insectoïdes ressemblant à des cafards, originaires d’une planète mourante, complotent pour coloniser la Terre dans l’intrigue de « Space Hunter Nebula M ». Les aliens adoptent les formes d’êtres humains morts et travaillent comme équipe de développement du parc à thème axé sur la paix, World Children's Land, dont le point central est « Godzilla Tower ». Les Nebula M prévoient d’utiliser les monstres spatiaux Gigan et King Ghidorah, guidés par deux « Action Signal Tapes », pour anéantir la civilisation humaine. L’artiste de manga Gengo Kotaka trébuche sur leur plan après avoir été engagé comme artiste conceptuel pour le parc. Lorsque Gengo et ses amis obtiennent accidentellement l’un des Action Signal Tapes et le lancent, Godzilla et Anguirus entendent le signal et réalisent que quelque chose cloche. Godzilla envoie Anguirus enquêter. Lorsque Anguirus s’approche de Tokyo, les Forces d’autodéfense japonaises, mal interprétant les intentions du monstre, le repoussent. Anguirus revient sur Monster Island et Godzilla le suit pour sauver la Terre des Gigan et King Ghidorah. Les extraterrestres tentent de tuer Godzilla avec un canon laser mortel dissimulé à l’intérieur de Godzilla Tower (le faisceau laser bleu ressemble également au souffle atomique de Godzilla), mais Gengo et ses compagnons utilisent la dépendance excessive des aliens à la technologie contre eux, les obligeant à se détruire involontairement. Après un long combat, Godzilla et Anguirus forcent Gigan et King Ghidorah à retourner dans l’espace, puis Godzilla et Anguirus nagent de retour à Monster Island, mais non sans que Godzilla ne se retourne et pousse un rugissement de triomphe, en signe de reconnaissance envers ses amis humains.