Godzilla contre MechaGodzilla II: En 1992, les Nations Unies créent le United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) pour stopper Godzilla. La tête médiane mécanique de Mecha-King Ghidorah est sauvée par la branche militaire de l’UNGCC, connue sous le nom de G-Force, et est ingénieusement adaptée pour créer deux machines anti-Godzilla, la première étant un chasse-marée aérien appelé Garuda et un méca modelé d’après Godzilla nommé Mechagodzilla. Deux ans plus tard, lors d’une mission à l’île d’Adona dans la mer de Béring, une équipe japonaise découvre ce qu’ils supposent être un gros œuf de Ptéanodon. L’œuf émet un signal télépathique qui attire Godzilla et Rodan, un Ptéanodon adulte irradié par les déchets nucléaires. Godzilla inflige des blessures critiques à Rodan pendant le combat qui s’ensuit, tandis que l’équipe de recherche s’échappe avec l’œuf. Il est amené dans un centre de recherche à Kyoto, où il s’imprime sur une jeune scientifiquefemale. Quand un Baby Godzilla éclôt de l’œuf, l’équipe de recherche conclut que l’œuf a été laissé dans le nid de Ptéanodon avec Rodan d’une manière similaire au parasitisme de couvain démontré par les coucous européens. Godzilla apparaît au Japon, répondant une fois de plus à l’appel psychique de la créature. Le JSDF mobilise Mechagodzilla, qui intercepte Godzilla alors qu’il se rend vers Kyoto. Les deux s’affrontent, Mechagodzilla semblant avoir l’avantage jusqu’à ce que Godzilla désactive Mechagodzilla avec une impulsion d’énergie. Godzilla continue sa recherche du Baby, mais les scientifiques, ayant découvert le lien télépathique entre les monstres, le protègent. Frustré, Godzilla détruit la majeure partie de Kyoto avant de retourner dans l’océan. Des tests sur le bébé révèlent qu’il possède un second cerveau dans ses hanches qui contrôle les mouvements de l’animal. L’UNGCC suppose que cela est aussi vrai pour Godzilla et décide d’utiliser Baby pour attirer Godzilla dans un combat contre Mechagodzilla. Le “G-Crusher” est installé dans les poignets de Mechagodzilla, permettant au robot de percer la peau de Godzilla et de paralyser le monstre en détruisant son second cerveau. Miki Saegusa, une jeune médium, reçoit l’ordre de devenir une partie de l’équipage de Mechagodzilla et de localiser le cerveau spinal de Godzilla. Elle est réticente à le faire, en raison de sa connexion mentale avec Godzilla (établie dans Godzilla contre Biollante), mais suit ses ordres. Le plan échoue lorsque Rodan, ayant survécu à son combat avec Godzilla et davantage muté par les radiations, répond à l’appel de Baby et intercepte le transport de l’UNGCC. L’UNGCC est contraint d’envoyer Mechagodzilla et Garuda après Rodan à la place et, dans le combat qui s’ensuit, Rodan est mortellement blessé. Godzilla apparaît quelques instants plus tard et attaque Mechagodzilla. Quand les deux semblent être à égalité, Mechagodzilla se combine avec Garuda. Le Mechagodzilla amélioré, appelé Super-Mechagodzilla, exécute le plan G-Crusher et parvient à paralyser Godzilla. Soudain, le Rodan mourant, une fois de plus réanimé par l’appel de Baby, commence à prendre son envol vers Baby, mais est abattu par Mechagodzilla, s’écrasant sur Godzilla. La force vitale de Rodan régénère le second cerveau de Godzilla et le revigore. Plus invincible que jamais, Godzilla attaque et détruit Super-Mechagodzilla d’un rayon atomique rouge à spirale à haute énergie. Godzilla repère enfin Baby, qui au début a peur du gigantesque monstre. Miki communique par télépathie avec Baby, le convainquant de partir avec Godzilla. Les deux monstres prennent le large vers la mer. Godzilla contre SpaceGodzilla: Des cellules de Godzilla apportées dans l’espace par Biollante et Mothra sont exposées à une irradiation intense d’un trou noir, donnant naissance à « SpaceGodzilla », qui se dirige rapidement vers la Terre, détruisant une station spatiale de la NASA en chemin. Pendant ce temps, des membres du United Nations Godzilla Countermeasures Center arrivent sur Birth Island afin de planter un dispositif de contrôle mental sur Godzilla. Les Cosmos, les jumelles prêtresses de Mothra, apparaissent à Miki Saegusa et la préviennent de l’arrivée de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), un mécha construit par le JSDF pour remplacer Mechagodzilla, est envoyé pour intercepter SpaceGodzilla, mais subit des dégâts au cours du processus. SpaceGodzilla atterrit sur Birth Island et attaque les descendants de Godzilla. Godzilla intervient mais se sent dépassé par SpaceGodzilla et est impuissant à empêcher son clone de piéger Little Godzilla dans une prison de cristal. SpaceGodzilla part pour le Japon avec Godzilla à sa poursuite. Peu après, la Yakuza enleve Miki et la ramène à leur base à Fukuoka dans une tentative d’utiliser ses capacités psychiques pour gagner le contrôle sur Godzilla. Miki est sauvée par une équipe de secours avant l’arrivée de SpaceGodzilla. SpaceGodzilla atterrit au centre de Fukuoka et forme une immense forteresse de cristaux célestes. M.O.G.U.E.R.A. arrive pour lutter de nouveau contre SpaceGodzilla, mais ne peut l’emporter. Godzilla arrive dans la baie de Kagoshima et combat SpaceGodzilla, mais SpaceGodzilla prend rapidement l’avantage. Le JSDF découvre que SpaceGodzilla utilise la tour de Fukuoka comme un convertisseur d’énergie, l’employant pour transformer le noyau terrestre en une énergie que SpaceGodzilla peut absorber, tua lentement la planète. Alors que Godzilla lutte avec SpaceGodzilla, M.O.G.E.R.A. se divise en deux méchas différents: le Star Falcon, un cuirassé volant, et le Land M.O.G.U.E.R.A., un char avec une grande mèche (trancheur) devant lui. Les méchas endommagent la forteresse de cristal tandis que Godzilla pousse la tour de Fukuoka, coupant l’approvisionnement énergétique de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. se reforme rapidement et fait décoller les formations d’épaule semblables à du cristal de SpaceGodzilla, l’affaiblissant. SpaceGodzilla endommage gravement M.O.G.U.E.R.A., mais est ensuite incinéré par le rayon thermique atomique ultra-rapide de Godzilla. Godzilla regagne Birth Island après que Miki a utilisé ses pouvoirs psychiques pour retirer le dispositif de contrôle mental de son cou. Little Godzilla est alors libéré de la prison de cristal et commence à expulser de petites bulles radioactives.