Blâmé pour l’attentat terroriste contre le Kremlin, l’agent IMF Ethan Hunt est mis au rebut avec tout le reste de l’agence lorsque le Président lance le « Ghost Protocol ». Privé de ressources et de soutien, Ethan doit trouver un moyen de laver le nom de son agence et d’empêcher une autre attaque. Pour compliquer les choses, Ethan est contraint d’entreprendre cette mission avec une équipe de fugitifs IMF dont les motivations personnelles lui échappent partiellement.