À Londres pendant la Seconde Guerre mondiale, Wendy réconforte ses enfants avec des histoires sur ses aventures jeunes avec Peter Pan dans le monde fantastique de Neverland. Le jeune Danny adore les histoires et croit qu'elles sont réelles, mais sa sœur aînée, Jane, n’en est pas si certaine. Jane découvre bientôt que sa mère dit en effet la vérité lorsqu’elle est enlevée par le maléfique Capitaine Crochet et emmenée dans son repaire à Neverland. Crochet cherche toujours à capturer son adversaire, Peter Pan, après toutes ces années, et est convaincu qu’il viendra au secours de son vieux ami, Wendy; cependant, Crochet se rend trop tard compte qu’il a emmené la fille de Wendy à la place. Peter vient au secours de la jeune Jane, mais alors qu’ils livrent bataille contre Crochet, il réalise qu’il faudra du travail pour que Jane s’intègre aux Enfants Perdus.