C’est une journée paisible au Japon lorsqu’une étrange fontaine d’eau fait irruption dans la baie, provoquant la panique chez les responsables gouvernementaux. Au départ, ils soupçonnent uniquement une activité volcanique, mais un jeune cadre ose se demander si cela pourrait être autre chose… quelque chose de vivant. Son pire cauchemar prend vie lorsqu’un monstre massif à branchies émerge des profondeurs et commence à dévorer la ville, ne laissant derrière lui que destruction sur son passage. Alors que le gouvernement s’affaire à sauver les citoyens, une poignée de bénévoles improvisés parvient à déjouer une toile de paperasserie pour découvrir la faiblesse du monstre et ses liens mystérieux avec une superpuissance étrangère. Mais le temps n’est pas de leur côté – la plus grande catastrophe jamais infligée au monde est sur le point d’évoluer sous leurs yeux.