Après avoir été tiré des eaux avec deux balles dans le dos, Jason Bourne se réveille sur un bateau de pêche sans souvenir de son implication dans une branche secrète et clandestine de la CIA appelée Treadstone. Alors qu'il lutte pour retrouver la mémoire, ses anciens employeurs le qualifient d’agent renégat et le visent pour l’élimination. Bourne redécouvre ensuite ses extraordinaires aptitudes de survie, y compris le combat rapproché, les arts martiaux et ses connaissances de plusieurs langues, et commence à comprendre qui il est vraiment.