Lorsque son amante est assassinée et qu'il est faussement accusé de l'assassinat d'un collègue agent, Jason Bourne se retrouve à nouveau en fuite. Mais alors qu'il se rapproche des killers de sa petite amie, il réalise que ses anciens interlocuteurs le traquent à nouveau. Après que ses empreintes digitales sont retrouvées sur les lieux d'un meurtre à Berlin, un agent ambitieux de la CIA devient déterminé à l'arrêter une bonne fois pour toutes. Hanté par des souvenirs fragmentés et débilitants alors qu'il navigue dans le labyrinthe de l'espionnage international, Bourne doit déjouer, manœuvrer et muscler certains des pouvoirs les plus influents du monde pour survivre.