Mowgli (Neel Sethi) est un orphelin élevé par des loups au cœur de la jungle. Il parle, comme sa famille, y compris sa mère suppléante Raksha (voix de Lupita Nyong'o), le chef de la meute Akela (voix de Giancarlo Esposito) et son ami Grey (voix de Brighton Rose), un jeune louveteau. Il est le bienvenu dans la jungle et par les autres animaux, tant qu’il se comporte, plus ou moins, comme l’un des leurs et qu’il n’utilise pas ses « compétences humaines » pour améliorer sa vie ou modifier le monde naturel et l’ordre animal qui l’entoure. Les choses changent lorsqu’un tigre nommé Shere Khan (voix d’Idris Elba), dont l’histoire personnelle avec l’homme l’a laissé brûlé et aveugle d’un œil, déclare son intention d’empêcher Mowgli de devenir un homme dangereux. Khan se retiendra tant qu’un pacte animal de paix conclu pendant une période de sécheresse difficile tient, mais lorsque les pluies arrivent, Khan viendra pour sa proie. Quand ces pluies torrentielles arrivent, Mowgli décide de quitter la jungle pour vivre parmi les siens plutôt que de mettre en danger tout ce qu’il tient cher, lui et tous ceux qu’il aime. Avec l’aide de celui qui l’a trouvé enfant — un léopard bienveillant, instruit et expérimenté nommé Bagheera (voix de Ben Kingsley) — Mowgli se met en route pour un voyage périlleux vers le nouvel endroit qui l’attend.