À la suite du geste ultime de Spock, l’équipage du U.S.S. Enterprise revient sur Terre depuis la planète Genesis nouvellement formée. À leur arrivée, l’équipage apprend que la vie chez eux ne sera pas plus facile: Scotty se voit réaffecté, le docteur McCoy semble devenir fou, et l’Enterprise doit être mis hors service. Ce n’est que lorsque Kirk est confronté au père de Spock qu’il apprend que son vieux ami peut avoir une autre chance de vivre, si l’équipage peut survivre à une attaque klingon et revenir sur la planète Genesis.