Le capitaine Picard et l’équipage de l’U.S.S. Enterprise-E font face à un clone de Picard nommé Shinzon qui règne sur la planète Remus. Le Shinzon mourant a besoin du matériel génétique de Picard pour survivre, mais sa tentative d’enlèvement échoue, préparant le terrain pour une bataille générale pour le contrôle de l’univers. L’équipage va prendre position. Des personnages mourront, mais l’esprit de l’Enterprise vivra pour toujours.