Neo, Morpheus, Trinity, et le reste de leur équipage continuent de combattre les machines qui ont asservi l'espèce humaine dans la Matrix. Désormais, davantage d'humains se réveillent de la matrice et tentent de vivre dans le monde réel. À mesure que leurs nombres augmentent, la bataille se déplace vers Zion, la dernière vraie ville et le centre de la résistance humaine.