"Admiral" James T. Kirk intraprende a malincuore una crociera da cadetto sulla nuova nave stellare addestrativa della Starfleet Academy, l’USS Enterprise. Poi il suo mondo viene davvero capovolto quando incrocia la sua vecchia nemesi – Khan Noonien Singh! Dopo 15 anni estenuanti di esilio sul pianeta Ceti Alpha V, Khan e i suoi seguaci sono riusciti a fuggire derubando una nave stellare. Ancora peggio, Khan ha scoperto i piani per testare il riaggiustamento del pianeta con la “Genesis Device”. Durante la battaglia che ne segue, entrambe le navi risultano dall’arrembaggio. Tuttavia Khan è in grado di localizzare e rubare l’arma per usarla come strumento di attacco. Il loro gioco del gatto e del topo diventa infine mortale per entrambe le astronavi. Khan, assetato di vendetta, è più che pronto a sacrificare tutto. Kirk non lo è, e cerca disperatamente di salvare la sua nave. La soluzione fatale gli costerà più di quanto abbia mai dovuto pagare prima: i suoi amici!