Godzilla vs. King Ghidorah: Sæt i 1992 skriver science fiction-forfatteren Kenichiro Terasawa (Kosuke Toyohara) en bog om Godzilla og får kendskab til en gruppe japanske soldater stationeret på Lagos Island under kampagnen i Gilbert- og Marshalløerne. I februar 1944, mens de japanske soldater er truet af amerikanske soldater, bliver de reddet af en mystisk dinosaurie. Han hævder, at dinosaurien senere blev muteret til Godzilla i 1954 efter en hydrogenbombetest på øen. Yasuaki Shindo (Yoshio Tsuchiya), en velhavende forretningsmand der commandedde de japanske soldater på Lagos Island, bekræfter, at dinosaurien faktisk eksisterede. I mellemtiden lander en UFO på Mount Fuji. Da det japanske hær undersøger, bliver de mødt af Wilson (Chuck Wilson), Grenchiko (Richard Berger), Emmy Kano (Anna Nakagawa) og en android, M-11 (Robert Scott Field). Besøgende, kendt som “Futurians”, forklarer at de er mennesker fra år 2204, hvor Godzilla fuldstændigt har ødelagt Japan. Futurians planlægger at rejse tilbage i tid til 1944 for at fjerne dinosaurien fra Lagos Island, før øen bliver bestrålet i 1954, og dermed forhindre mutationen af skabningen til Godzilla. Som bevis for deres historie fremviser Emmy en kopi af Terasawas bog, som endnu ikke er fuldendt i nutiden. Futurians, Terasawa, Miki Saegusa (Megumi Odaka) og Professor Mazaki (Katsuhiko Sasaki) går ombord på et tidsfartøj og rejser tilbage til 1944 til Lagos Island. Der, mens amerikanske styrker lander og kæmper mod de japanske tropper under Shindo, angriber dinosaurien og dræber de amerikanske soldater. Den amerikanske flåde bombarderer dernæst dinosaurien fra havet og alvorligt såre den. Efter Shindo og hans mænd forlader øen, teleportere M-11 dinosaurien fra Lagos Island til et sted i Beringstrædet. Før de vender tilbage til 1992, efterlader Futurians hemmeligt tre små væsner kaldet Dorats på Lagos Island, som udsættes for stråling fra hydrogenbombetesten i 1954 og smelter sammen til King Ghidorah, som derefter optræder i nutidens Japan. Efter at have vendt tilbage til 1992 bruger Futurians King Ghidorah til at underkue Japan. De fremsætter et ultimatum, men Japan nægter at overgive sig. Følelsesmæssigt berørt af det japanske folk afslører Emmy for Terasawa sandheden bag Futurians’ mission: i fremtiden er Japan en økonomisk supermagt, der har overgået USA, Rusland og Kina. Futurians rejste tilbage i tid for at ændre historien og forhindre Japans fremtidige økonomiske dominans ved at skabe King Ghidorah og bruge den til at ødelægge nutidens Japan. Samtidig planlagde de også at udslette Godzilla fra historien, så den ikke ville udgøre en trussel mod deres planer. Efter M-11 bringer Emmy tilbage til UFO’en, omprogrammerer hun androiden, så den vil hjælpe hende. Med M-11s og Terasawas hjælp saboterer Emmy UFO’ens kontrol over King Ghidorah. Samtidig planlægger Shindo at bruge sin atomarubåd til at genskabe Godzilla. På vej mod Beringstrædet bliver Shindos ubåd ødelagt af en allerede muteret Godzilla, som absorberer dets stråling og bliver endnu større og stærkere. Terasawa opdager, at en russisk atomubåd sank i Beringstrædet i 1970’erne og udløste nok stråling til at mutere dinosaurien til Godzilla. Godzilla ankommer til Japan og mødes af King Ghidorah. De kæmper på lige fod, hver immun over for den andens angreb. Godzilla afslutter til sidst kampen ved at sprænge Ghidorahs mellemhoved af. Før det endelige slag ødelægger Godzilla UFO’en og dræber Wilson og Grenchiko. Godzilla vender herefter opmærksomheden mod Tokyo, ødelægger metropolen og dræber Shindo. Emmy rejser til fremtiden med M-11 og vender tilbage til nutiden med Mecha-King Ghidorah, en cybernetisk version af King Ghidorah. Den cybernetiske Ghidorah tænder Godzilla med energistråler, hvilket viser sig at være nytteløst. Godzilla svarer ved igen og igen at sprænge Ghidorah med sin atomstråle, næsten halshugger Ghidorah. Ghidorah overlever, men Godzilla sejrer og vælter Ghidorah ned. Emmy bærer Godzilla væk og taber ham og Ghidorah i havet. Emmy vender derefter tilbage til fremtiden, men ikke før hun informerer Terasawa om, at hun er hans afkom. På havets bund vågner Godzilla og brøler over Ghidorahs rester, før den svømmer væk. Godzilla and Mothra: The Battle for Earth Set i midten af 1992, efter begivenhederne i den forrige film (Godzilla vs. King Ghidorah), lander et meteoroid i Ogasawara-graven og vækker Godzilla. Seks måneder senere bliver opdagelsesrejsende Takuya Fujito tilbageholdt efter at have stjålet en gammel artefakt. Senere tilbyder en repræsentant for den japanske premierminister at få Takuyas sigtelser afvist, hvis han udforsker Infant Island sammen med sin eks-kone Masako Tezuka og Kenji Ando, sekretæren for det grådig Marutomo-selskab. Efter trioen ankommer til øen finder de en hule, der indeholder en afbildning af to kæmpe insekter i kamp. Videre udforskning fører dem til et kæmpe æg og et par små humanoide kaldet Cosmos, som identificerer ægget som tilhørende Mothra. Cosmos' fortæller om en gammel civilisation, der forsøgte at kontrollere Jordens klima, hvilket affødte Battra, som blev ude af kontrol og begyndte at skade den planet, der skabte den. Mothra, en anden jordens beskytter, kæmpede en apokalyptisk kamp med Battra, som til sidst tabte. Cosmos forklarer, hvordan meteoroiden afdækkede Mothras æg, og måske har vækket Battra, som stadig er bitret over menneskehedens indblanding i Jordens naturlige orden. Marutomo-selskabet sender et fragtskib til Infant Island for at hente ægget, tilsyneladende for at beskytte det. Mens de sejler, træder Godzilla frem og bevæger sig mod den nyudklækkede Mothra-larve. Battra, også som en larve, dukker snart op og slutter sig til kampen, så Mothra kan trække sig tilbage. Kampen mellem Godzilla og Battra ender med at blive under vandet, hvor slagets kraft forårsager en kæmpe revne i havets bund, som sluger de to. Masako og Takuya opdager senere Andos sande intentioner, da han kidnapper Cosmos og bringer dem til Marutomo- hovedkvarter, hvor CEO’en agter at bruge dem til publicitetsformål. Mothra træder ind i Tokyo i et forsøg på at redde Cosmos, men bliver angrebet af JSDF. Den sårede Mothra tager sig til Diet-bygningen og begynder at bygge en kokon omkring sig selv. I mellemtiden bryder Godzilla frem fra Mount Fuji. Både Mothra og Battra opnår deres imagos-former og mødes i Yokohama Cosmo World. Godzilla afbryder kampen og angriber Battra. De to møl beslutter sig for at slå sig sammen mod Godzilla. Til sidst overvinder Mothra og Battra Godzilla og bærer den ud over havet. Godzilla bider Battras nakke og affyrer sin atomånde i såret, hvilket dræber Battra. En træt Mothra slipper Godzilla og den livløse Battra ned i vandet nedenfor, og forsegler Godzilla under overfladen ved at skabe en mystisk tegn med skæl fra hendes vinger. Næste morgen forklarer Cosmos, at Battra havde ventet mange år på at ødelægge et endnu større meteoroid, som ville true Jorden i 1999. Mothra havde lovet, at hun ville forhindre fremtidens sammenstød, hvis Battra døde, og hun og Cosmos forlader Jorden, som menneskene tager afsked.