I kølvandet på Spocks ultimative selvmordshandling vender besætningen på U.S.S. Enterprise tilbage til Jorden fra den nyformede Genesis-planet. Ved ankomsten får besætningen at vide, at livet derhjemme ikke bliver lettere: Scotty bliver omplaceret, Dr. McCoy ser ud til at miste forstanden, og Enterprise skal afvikles. Det er først, når Kirk konfronteres med Spocks far, at han opdager, at hans gamle ven måske har en anden chance i livet, hvis besætningen kan overleve et Klingon-angreb og vende tilbage til Genesis-planet.