Né dans les flammes de l’enfer et amené sur Terre en tant qu’enfant pour perpétrer le mal, Hellboy a été sauvé par les forces bienveillantes du Dr. Broom, qui l’a élevé pour en faire un héros. Au sein du Bureau secret de Recherches et de Défense Paranormales du Dr. Broom, Hellboy crée une famille improbable composée du télépathique "Mer-Man" Abe Sapien et de Liz Sherman, la femme qu’il aime et qui peut contrôler le feu. Cachés à même la société qu’ils protègent, ils constituent la ligne de défense clé contre un fou maléfique qui cherche à ramener Hellboy du côté obscur et à utiliser ses pouvoirs pour détruire l’humanité.