« Admiral » James T. Kirk prend à contrecœur la croisière d’un cadet à bord du tout nouvel étoile de formation de Starfleet, le starship USS Enterprise. Puis tout son monde est vraiment retourné lorsque il croise son ancien Némésis — Khan Noonien Singh ! Après 15 années épuisantes d’exil sur la planète Ceti Alpha V, Khan et ses fidèles ont échappé en dérobant un vaisseau spatial. Pire encore, Khan a découvert les plans pour tester le réconfigurateur planétaire « Genesis Device ». Lors de la bataille qui s’ensuit, les deux vaisseaux sont hors d’usage. Cependant Khan parvient à localiser et voler l’appareil pour l’utiliser comme arme. Leur jeu du chat et de la souris devient finalement mortel pour les deux vaisseaux. Khan, avide de vengeance, est plus que prêt à tout sacrifier. Kirk ne l’est pas et il tente désespérément de sauver son vaisseau. La solution fatale va lui coûter plus que ce qu’il n’a jamais dû payer auparavant : son ami !