Godzilla: Tokyo S.O.S: En 2004, Kiryu está sometiéndose a modificaciones de reparación tras su batalla con Godzilla un año antes. El primer ministro Hayato Igarashi acepta la elección del Jefe Científico Yoshito Chujo de reemplazar la Absolute Zero Cannon por un poderoso Tri-Maser. Las Shobijin (las hadas gemelas de Mothra) advierten al gobierno japonés que Godzilla continúa regresando a Japón porque usaron los huesos del Godzilla original en el diseño de Kiryu. Si devuelven los huesos al fondo del mar, Mothra ocuparía con gusto el lugar de Kiryu en la defensa de Japón, pero si no lo hacen, Mothra declarará la guerra a la humanidad. Pronto, se encuentra a Kamoebas, una gigantesca tortuga mata mata, varada en una playa japonesa. Se determina por las heridas en el cuello de Kamoebas que Godzilla la mató. Godzilla y Mothra pelean, pero Godzilla parece tener la delantera. Con las reparaciones terminadas justo a tiempo, Kiryu logra equilibrar las probabilidades, pero Godzilla sigue tumbando a ambos, Kiryu y Mothra. Mientras tanto, en Infant Island, dos larvas gemelas de Mothra eclosionan del huevo de Mothra y corren a ayudar a su madre. Mientras Kiryu se somete a nuevas reparaciones, las larvas intentan mantener a Godzilla a raya, pero Mothra se sacrifica al volar en el camino del aliento atómico de Godzilla, salvando a las larvas. Justo a tiempo, Yoshito y los humanos reparan Kiryu, que apuñala el pecho de Godzilla con un taladro, haciendo que Godzilla sangrara y ruja de dolor. Las larvas comienzan a sujetar a Godzilla con seda. Justo cuando el piloto de Kiryu, Azusa Kisaragi, recibe la orden de Igarashi de destruir a Godzilla antes de que el proyecto Kiryu sea descartado, el alma de Kiryu se reaviva a través del rugido de Godzilla. El cyborg eleva a Godzilla y asegura su agarre con cables. Kiryu luego usa sus impulsores para llevarse a sí mismo y a Godzilla al fondo del océano. En la escena post-créditos de la película, en un lugar no revelado, se muestra un laboratorio lleno de frascos que contienen el ADN de numerosos kaiju de Toho. Se afirma en la versión japonesa mediante un narrador que anuncia que un experimento de "bio-formación" que involucra a un "subject extinct" está a punto de ocurrir, lo que implica que la JXSDF planea crear otro superarmamento mecha o kaiju, lo que podría significar que Godzilla u otro monstruo podrían aparecer una vez más. En la versión japonesa, Godzilla y Kiryu se ven una vez más, rugiendo mientras descienden al océano. Godzilla Final Wars: Años después de un ataque inicial de Tokyo en 1954, Godzilla queda atrapado bajo el hielo en la Antártida tras una batalla con el Gotengo original. En años posteriores, desastres ambientales provocan la aparición de monstruos gigantes y superhumanos, apodados "mutants", que luego son reclutados en la Earth Defense Force (EDF) para combatir a los monstruos. Un Gotengo mejorado, comandado por el Capitán Gordon, combate y destruye a Manda, pero la nave se estropea en el proceso y su capitán Douglas Gordon es suspendido de la EDF. Un soldado mutante, Shinichi Ozaki, tiene la tarea de custodiar a una bióloga de la ONU, la Dra. Miyuki Otonashi, que es enviada a estudiar a un monstruo momificado. Son teletransportados a Infant Island, donde se encuentran con las Shobijin, hadas de Mothra, quienes revelan que el monstruo momificado es Gigan, un cyborg alienígena enviado para destruir la Tierra y que fue derrotado finalmente por Mothra. Advierte que una batalla entre el bien y el mal ocurrirá pronto y que Ozaki debe elegir un bando. Grandes monstruos comienzan a atacar varias ciudades importantes. La EDF enfrenta a las criaturas, que misteriosamente desaparecen en el mismo momento en que aparece una nave nodriza alienígena sobre Tokio. Los alienígenas, llamados Xiliens, advierten que un planeta entrante llamado "Gorath" impactará pronto la Tierra. Se firma un pacto de paz entre la Tierra y los Xiliens. Mientras tanto, Minilla, el hijo de Godzilla, es encontrado en el bosque por un niño y su abuelo. Desconfiando de los Xiliens, Ozaki, Miyuki y su hermana Anna descubren que Gorath que vieron es en realidad un holograma y que los aliens han reemplazado a varios miembros de la EDF con duplicados. Después de que su especie queda expuesta, matando a su superior para asumir el mando, el Controlador X de los Xilien revela sus planes de usar a los humanos como fuente de alimento mientras toma el control de todos los mutantes salvo Ozaki. X también tiene a los monstruos bajo su control y reanima a Gigan para que los eliminen a la EDF. El grupo huye con Gigan persiguiéndolos, Gordon convenciéndolos de viajar a la Antártida para liberar a Godzilla, quien fácilmente destruye a Gigan. El Gotengo guía a Godzilla a la batalla con los otros monstruos y regresa a Tokio para enfrentarse a los Xiliens. Después de penetrar la nave nodriza, el grupo es capturado y llevado ante X, ya que este ha invocado a Gorath a la Tierra. Aunque Godzilla destruye a Gorath justo antes de que se estrelle, este desata a Monster X y los dos monstruos batallan. Un Gigan mejorado ayuda a Monster X, pero es interceptado por Mothra, que queda gravemente herida mientras logra destruir al cyborg. En la nave Xilien, mientras estalla una pelea y no pueden tomar el control de los humanos debido a la bendición de Shobijins, X revela que él y Ozaki son seres superiores conocidos como "Keizers". X queda mortalmente herido, pero activa la autodestrucción de la nave mientras el grupo retrocede al Gotengo momentos antes de que la nave nodriza explote. Godzilla y Monster X continúan su batalla mientras este último se transforma en su forma verdadera, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah inicialmente tiene la delantera, pero Godzilla sale victorioso al final. Minilla aparece en la escena y convence a Godzilla de no destruir el Gotengo. Los sobrevivientes observan a Godzilla y a Minilla regresar al océano.