Godzilla contra MechaGodzilla II: En 1992, las Naciones Unidas establecen el Centro de Contramedidas de Godzilla de las Naciones Unidas (UNGCC) para detener a Godzilla. La cabeza mecánica media de Mecha-King Ghidorah es recuperada por la rama militar de la UNGCC, conocida como G-Force, y se re-ingeniería para crear dos máquinas anti-Godzilla, la primera siendo una nave de asalto aéreo llamada Garuda y un mecha modelado según Godzilla llamado Mechagodzilla. Dos años más tarde, en una misión a la Isla Adona en el Mar de Bering, un equipo japonés encuentra lo que asumen es un gran huevo de Pteranodon. El huevo emite una señal telepática que atrae a Godzilla y a Rodan, un Pteranodon adulto irradiado por los residuos nucleares. Godzilla hiere críticamente a Rodan durante la batalla subsiguiente, mientras el equipo de investigación escapa con el huevo. Es llevado a un centro de investigación en Kyoto, donde imprints en una joven científica. Cuando un Baby Godzilla eclosiona del huevo, el equipo de investigación concluye que el huevo fue dejado en el nido de Pteranodon junto a Rodan, de una manera similar al parasitismo de cría mostrado por los avispones europeos. Godzilla aparece en Japón, respondiendo una vez más al llamado psíquico de la criatura. El JSDF moviliza a Mechagodzilla, que intercepta a Godzilla mientras se dirige a Kyoto. Los dos pelean, con Mechagodzilla pareciendo tener la ventaja hasta que Godzilla desactiva a Mechagodzilla con un pulso de energía. Godzilla continúa buscando a Baby, pero los científicos, habiendo descubierto el vínculo telepático entre los monstruos, lo protegen de Godzilla. Frustrado, Godzilla destruye la mayor parte de Kyoto antes de volver al océano. Las pruebas al bebé revelan que tiene un segundo cerebro en sus caderas que controla el movimiento del animal. La UNGCC asume que esto también es válido para Godzilla, y deciden usar a Baby para provocar a Godzilla en una pelea con Mechagodzilla. El “G-Crusher” se instala en las muñecas de Mechagodzilla, permitiendo que el robot penetre en la piel de Godzilla y lo paralice al destruir su segundo cerebro. Miki Saegusa, una joven psíquica, recibe la orden de convertirse en parte de la tripulación de Mechagodzilla y de localizar el cerebro espinal de Godzilla. Ella duda hacerlo, debido a su conexión mental con Godzilla (establecida en Godzilla vs. Biollante), pero sigue sus órdenes. El plan falla cuando Rodan, tras sobrevivir a su batalla con Godzilla y sufrir más mutaciones por la radiación, responde al llamado de Baby e intercepta el transporte de la UNGCC. La UNGCC se ve obligada a enviar a Mechagodzilla y Garuda tras Rodan en su lugar y, en la batalla subsiguiente, Rodan queda mortalmente herido. Godzilla aparece momentos después y ataca a Mechagodzilla. Cuando los dos parecen igualados, Mechagodzilla se combina con Garuda. El Mechagodzilla mejorado, llamado Super-Mechagodzilla, ejecuta el plan G-Crusher y logra paralizar a Godzilla. De pronto, Rodan, moribundo, una vez más revivido por la llamada de Baby, comienza a volar hacia Baby, pero es abatido por Mechagodzilla, estrellándose sobre Godzilla. La fuerza vital de Rodan regenera el segundo cerebro de Godzilla y lo sobrecarga. Ahora más imparable que antes, Godzilla ataca y destruye a Super-Mechagodzilla con un rayo atómico en espiral rojo de alta potencia. Godzilla finalmente localiza a Baby, que al principio tiene miedo del gigante monstruo. Miki se comunica telepáticamente con Baby, convenciéndolo de ir con Godzilla. Los dos monstruos se dirigen hacia el mar. Godzilla contra SpaceGodzilla: Células de Godzilla traídas al espacio por Biollante y Mothra están expuestas a una intensa radiación de un agujero negro, dando lugar al nacimiento de “SpaceGodzilla”, que rápidamente se dirige a la Tierra, destruyendo una estación espacial de la NASA en el camino. Mientras tanto, miembros del Centro de Contramedidas de Godzilla de las Naciones Unidas llegan a Birth Island para plantar un dispositivo de control mental sobre Godzilla. Las Cosmos, las gemelas sacerdotisas de Mothra, parecen ante la psíquica Miki Saegusa y le advierten de la llegada de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), un mecha construido por el JSDF para reemplazar a Mechagodzilla, es enviado para interceptar a SpaceGodzilla, pero sufre daños en el proceso. SpaceGodzilla aterriza en Birth Island y ataca a la cría de Godzilla, Little Godzilla. Godzilla interviene pero se siente abrumado por SpaceGodzilla, y es impotente para evitar que su clon capture a Little Godzilla en una prisión de cristal. SpaceGodzilla parte hacia Japón con Godzilla persiguiéndolo. Poco después, la Yakuza secuestra a Miki y la lleva a su base en Fukuoka para intentar usar sus habilidades psíquicas para controlar a Godzilla. Miki es salvada por un equipo de rescate antes de que llegue SpaceGodzilla. SpaceGodzilla aterriza en el centro de Fukuoka y forma una enorme fortaleza de cristales celestiales. M.O.G.U.E.R.A. llega para una vez más luchar contra SpaceGodzilla, pero aún no es rival para él. Godzilla llega a la bahía de Kagoshima y combate a SpaceGodzilla, pero SpaceGodzilla obtiene fácilmente la ventaja. El JSDF descubre que SpaceGodzilla está usando la Torre Fukuoka como un convertidor de energía, usándola para transformar el núcleo de la Tierra en una energía que SpaceGodzilla puede absorber, matando lentamente al planeta. Mientras Godzilla lucha contra SpaceGodzilla, M.O.G.E.R.A. se divide en dos mechas diferentes: el Star Falcon, un buque de batalla volador, y el Land M.O.G.U.E.R.A., un tanque con una gran broca en su frente. Las mechas dañan la fortaleza de cristal mientras Godzilla empuja la Torre Fukuoka, cortando el suministro de energía de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. se reconfigura rápidamente y lanza al espacio las formaciones en forma de cristal del hombro de SpaceGodzilla, debilitándolo. SpaceGodzilla daña críticamente a M.O.G.U.E.R.A., pero a continuación es incinerado por el rayo atómico supersólido de Godzilla. Godzilla regresa a Birth Island después de que Miki use sus poderes psíquicos para quitar el dispositivo de control mental de su cuello. Little Godzilla es liberado entonces de la prisión de cristal y empieza a liberar diminutas burbujas radiactivas.