Culpable del atentado terrorista contra el Kremlin, el agente del FMI Ethan Hunt es desautorizado junto con el resto de la agencia cuando el Presidente inicia "Ghost Protocol". Sin recursos ni respaldo alguno, Ethan debe hallar la manera de limpiar el nombre de su agencia y evitar otro ataque. Para complicar aún más las cosas, Ethan se ve obligado a emprender esta misión con un equipo de fugitivos del FMI cuyas motivaciones personales no conoce plenamente.