Es un día tranquilo en Japón cuando una extraña fuente de agua erupciona en la bahía, provocando pánico entre los funcionarios del gobierno. Al principio, sospechan solo actividad volcánica, pero un joven directivo se atreve a preguntarse si puede ser algo distinto… algo vivo. Su peor pesadilla cobra vida cuando emerge de las profundidades un monstruo masivo con branquias y comienza a destrozar la ciudad, dejando nada más que destrucción a su paso. Mientras el gobierno se apresura a salvar a los ciudadanos, un equipo de voluntarios rudo y variopinto corta la maraña de trámites para descubrir la debilidad del monstruo y sus misteriosas conexiones con una superpotencia extranjera. Pero el tiempo no está de su lado: la mayor catástrofe que ha visto el mundo va a evolucionar ante sus propios ojos.