A dél-pacifikai francia atombomba-tesztet követően egy ismeretlen lény tűnik fel, amint kelet felé halad a Panamai-csatornán keresztül. Niko Tatopolous tudós hívják fel a vizsgálathoz, és gyorsan arra a következtetésre jut, hogy a robbanások által létrehozott egy gigantikus, irradiált gyík. Godzilla aztán észak felé veszi az irányt, leszáll a Manhattanre, hogy megkezdje a pusztítást a nagyvárosban. Még az amerikai hadsereg össztűz alatt álló erőivel sem biztos, hogy elég lesz-e a New York-i nép megmentésére?