Godzilla: Tokyo S.O.S: 2004-ben Kiryu a Godzilla elleni csata egy évvel korábbi után javítási módosításokon megy keresztül. Hayato Igarashi miniszterelnök elfogadja Yoshito Chujo vezető tudós választását, hogy az Absolute Zero Cannon helyébe egy erős Tri-Maser kerüljön. A Shobijin (Mothráhez tartozó iker tündérek) figyelmeztetik a japán kormányt, hogy Godzilla továbbra is Japán felé tart vissza, mert az eredeti Godzilla csontjait használták Kiryu tervezésében. Ha a csontokat a tengerfenékre visszahozzák, Mothra kész szívesen elfoglalná Kiryu helyét Japán védelmezésében, de ha nem, Mothra hadat üzen az emberiségnek. Hamarosan egy Kamoebas, egy hatalmas mata mata teknős, sodródott partra egy japán tengerparton. A Kamoebas nyakán lévő sebek alapján megállapítják, hogy Godzilla ölte meg. Godzilla és Mothra harcolnak, de Godzilla úgy tűnik, előnyben van. A javítások éppen időben befejeződnek, Kiryu képes kiegyenlítetté tenni az esélyeket, de Godzilla továbbra is le tudja vágni mind őt, mind Mothrát. Eközben Infant Islanden két iker Mothra-lárva kel ki Mothra tojásából, és rohan segíteni anyjukat. Miközben Kiryu újjáépül, a lárvák megpróbálják visszatartani Godzillát, de Mothra saját lelkét áldozza fel, az Godzilla atom-szívrohamának útjába repülve megmenti a lárvákat. Mindjárt időben Yoshito és az emberek megjavítják Kiryu-t, aki egy fúróval a Godzilla mellkasába hatol, ezzel vérzik és ordít fájdalmában. A lárvák Godzillát szilkhálókba kötik. Pontosan amikor Kiryu pilótája, Azusa Kisaragi megkapja Igarashi parancsát, hogy semmisítse meg Godzillát, mielőtt a Kiryu projektet elvetik, Kiryu lelke felébred Godzilla üvöltése által. A cyborg felemeli Godzillát és szálak segítségével biztonságba fogja tartani. Kiryu ezt követően fúvóházaival viszi magával és Godzillát a tenger aljára. A film post-credit jelenetében egy be nem jelölt helyen egy laboratórium látható, tele számos Toho kaiju DNS-t tartalmazó kannákkal. A japán verzióban narrátoron keresztül kijelentik, hogy egy "bio-formáció" kísérlet, amely egy "kihaltal" alanyt érint, éppen zajlik, utalva arra, hogy a JXSDF egy új mecha vagy kaiju-alapú szuperfegyvert tervezhetett, amely újra megjelenhet Godzilla vagy egy másik szörny formájában. A japán verzióban Godzilla és Kiryu újra láthatóak, ahogy üvöltve süllyednek az óceánba. Godzilla Final Wars: Évek teltek el az 1954-es Tokyo elleni első támadás után, Godzilla egy antarktiszi jég alá kerül az eredeti Gotengo-val vívott csata után. Későbbi években környezeti katasztrófák idéznek elő óriás szörnyek és szuperemberek, akiket "mutánsoknak" neveznek, majd felvételiznek az Earth Defense Force-hoz (EDF) a szörnyek elleni harcra. Egy továbbfejlesztett Gotengo, Gordon kapitány parancsnoksága alatt, megtámadja és megsemmisíti a Manda-t, de a hajó a folyamatban zátonyra fut és kapitánya, Douglas Gordon, az EDF-től felfüggesztésre kerül. Shinichi Ozaki, a mutáns katona feladata, hogy megvédje Miyuki Otonashi vezérelt U.N. biológust, aki egy mumifikálódott szörnyet tanulmányoz. Az Infant Island-re teleportálják őket, ahol találkoznak a Shobijin-nel, Mothra tündéreivel, akik felfedik a mumifikált szörnyet, a Gigant, egy földönkívüli cyborgot, akit a Mothra semmisített meg végül. Figyelmeztetik, hogy a jó és a rossz közötti harc rövidesen elkezdődik, és Ozaki-nek ki kell választania egy oldalt. Óriási szörnyek kezdenek támadni több nagyvárost. Az EDF harcol a lényekkel, akik titokzatos módon nyom nélkül eltűnnek abban a pillanatban, amikor egy földönkívüli anyahajó jelenik meg Tokió fölött. A földönkívieket Xiliens-nak nevezik, akik figyelmeztetik, hogy egy közelgő Gorath nevű bolygó található közel a Földhöz. A Föld és a Xiliens békeszerződést ír alá. Eközben Minilla, Godzilla fia, egy fiú és nagyapja által egy erdőben található. A Xiliens ellenszenve miatt Ozaki, Miyuki és nővére Anna rájönnek, hogy a Gorath, amit láttak, valójában hologram és hogy az idegenek több EDF-tagot felcseréltek duplikátumokra. Miután ezt felfedték és legyőzik felhatalmazását, a Xiliens Kontroller X a tervét felfedi: emberi lényeket élelemként használnak, miközben az összes mutánst kivéve Ozaki kezébe kerül. X továbbá a szörnyeket saját ellenőrzése alá helyezi és felébreszti Gigan-t, hogy pusztítsa ki az EDF-et. A csoport Gigan üldözésével menekül, Gordon meggyőzi őket, hogy az Antarktiszra utazzanak, hogy ott szabadítsák ki Godzillát, aki könnyen megsemmisíti Gigan-t. A Gotengo eközben Godzilla-t a többi szörnnyel való harcra irányítja, majd Tokióba visszatér, hogy szembeszegüljön a Xiliensekkel. A földhöz vezető anya hajó megkerülése után a csoportot elfogják és X elé hurcolják, miközben Gorath-ot hívják a Földre. Noha Godzilla Gorath-ot csak épp becsapódása előtt semmisíti meg, az kirobbantja Monster X-et, és a két szörny összecsap. Egy felszerelt Gigan segíti Monster X-et, de a Mothra megakadályozza, a cyborg-ot pedig súlyosan megsebesíti. Az Xilien hajón torlódik a harc, miközben az ember irányítását nem tudják teljes mértékben átvenni, mert a Shobijin áldása megvéd. X felfedi, hogy ő és Ozaki felsőbbrendű lények, akiket „Keizernek” ismernek. X végzetes sebet kap, de a hajó önmegsemmisítését aktiválja, miközben a csoport visszaszalad a Gotengo-hoz, mindeközben a tömeghullás bekövetkezik. Godzilla és Monster X harca tovább folytatódik, miközben az utóbbi átalakul igazi formájára, Keizer Ghidorah-ra. Keizer Ghidorah kezdetben az előnyre tesz szert, de Godzilla végül győzedelmeskedik a végén. Minilla megjelenik a helyszínen, és meggyőzi Godzillát, hogy ne pusztítsa el a Gotengo-t. A túlélők látják, ahogy Godzilla és Minilla visszatér a tengerbe.