Godzilla Vs. Destroyah Godzilla, testének teste égve, blokád alá vonja Hongkongot. Kiderül, hogy a Monsterkirály a összeomlás küszöbére került. Ha Godzilla kritikus hőmérsékletet ér el, egy ennek következtében bekövetkező detonáció egyenesen a Föld magjáig hatol és katasztrofális eredményt hoz. Eközben Japánban egy rejtélyes, kagylóshoz hasonló lények fajának nyomait találják az ország szerte. Nemrég végzett vizsgálatok egy Micro Oxygen néven futó folyamatot vizsgálnak, amely valaminek a méretét növeli megoldásként az élelmiszerhiányok enyhítésére. Ugyanakkor ez az új teremtmény valószínűleg sokkal ősiabb történelemmel bír, mert az Oxygen Destroyer-től született, amely megölte az eredeti Godzilla-t 1954-ben. Godzilla vs. Megaguirus: 1954-ben Godzilla először feltűnik és megtámadja Tokiót, lángokban pusztítva a várost. Japán újjáépül, de 1966-ban feléleszti Godzilla-t egy nukleáris erőmű megépítése után. A teremtmény Tokai-t cáfolja, megsemmisítve az erőművet. Az ország ezután igyekszik elkerülni a nukleáris energiát, de képtelen az ország erejét fenntartani. 1996-ban új erőforrásból származó áttörés történik: plazmaenergia. Sajnos ez is felébreszti a Monsterkirályt, aki Osaka-t és a technológiát tároló épületet támadja. Tárgykövetkezményként Kiriko Tsujimori parancsnok-helyettese meghal, ezzel bosszúállás tör ki köztük Godzilla ellen. Öt évvel később a G-Graspers, egy Godzilla ellen létrehozott csoport, elkezd tesztelni egy új fegyvert: a Dimension Tide-ot, amely mikro fekete lyukakat hoz létre. Az a reményük, hogy ez végre megöli Godzilla-t. Azonban a teszt egy különböző, ősi gonoszságot ébreszt fel...