Godzilla kontra MechaGodzilla II: 1992-ben az Egyesült Nemzetek Szervezete megalapítja az Egyesült Nemzetek Godzilla Elleni Intézetét (UNGCC), hogy megállítsa Godzillát. Mecha-King Ghidorah mechanikus középső feje az UNGCC haditengerészeti ágához, a G-Force-hoz kerül, és visszafejtik, hogy két anti-Godzilla gép legyen, az első egy légi gyorshadtestet, a Garudát, és egy Godzillától mintázott mechát, a Mechagodzilla-t létrehozva. Két évvel később, egy Adona-szigetre a Bering-tengeren végzett küldetésen egy japán csapat egy nagy Pteroszaurusz-tojást vél. A tojás telepatikus jelet bocsát ki, amely Godzillát és Rodant, egy irradiált felnőtt Pteroszauruszt vonzza. Godzilla súlyosan megsebesíti Rodant a harc során, miközben a kutatócsoport elmenekül a tojással. Kínzásra került a Kyoto-i kutatási központba, ahol a tojás a fiatal női tudósra hagyatkozik. Amikor egy Baby Godzilla kikölt a tojásból, a kutatócsoport arra a következtetésre jut, hogy a tojást a Pteroszaurusfészekben hagyták Rodannal úgy, mint a testvérfészekes például a európai kakadozók által bemutatott brood parazitizmushoz hasonló módon. Godzilla ismét Japánban tűnik fel, és válaszként a lény pszichikai hívására intézkedik. A JSDF mozgósítja a Mechagodzilla-t, amely közbeavatkozik Godzillának Kyoto felé tartásakor. A két lény harcol, a Mechagodzilla úgy tűnik, hogy fölényben van, amíg Godzilla energiapulzissal le nem állítja a Mechagodzilla-t. Godzilla continue keresi a Baby-t, de a tudósok, akik felfedezték a telepathikus kapcsot a szörnyek között, eltorlaszolják elő tőle. Feszült, Godzilla egész Kyoto-t porig alázza, majd visszatér a tengerbe. A bébi vizsgálata kideríti, hogy a kicsinek egy második agya van a csípőjén, amely az állat mozgását szabályozza. Az UNGCC feltételezi, hogy ez ugyancsak igaz Godzilla-ra is, és úgy döntenek, hogy a Baby-t felhasználják Godzilla csalogatására egy harcra Mechagodzilla-val. A "G-Crusher" beépítésre kerül Mechagodzilla csuklójába, lehetővé téve a robot számára, hogy áthatoljon Godzilla bőrében, és megbénítsa a szörnyet azzal, hogy megsemmisíti a második agyát. Miki Saegusa, egy fiatal telepata, megbízást kap, hogy a Mechagodzilla személyzetének legyen, és hogy megtalálja Godzilla gerinc-agyát. Ő vonakodik megtenni, mert a Godzilla-val (a Godzilla vs. Biollante-ben felállított) mentális kapcsolata fennáll, de követi a parancsot. A terv visszafelé sül el, amikor Rodan, túlélve a Godzilla- elleni harcát és a sugárzás által még jobban mutálva, a Baby hívására reagálva megakadályozza az UNGCC szállítmányát. Az UNGCC kénytelen Mechagodzilla-t és Garuda-t Rodan után küldeni, és a harc során Rodan halálos sebet szenved. Godzilla percekkel később megjelenik, és megtámadja a Mechagodzilla-t. Amikor úgy tűnik, egyenlő az esély, a Mechagodzilla összeolvad a Garuda-val. A továbbfejlesztett Mechagodzilla, a Super-Mechagodzilla végrehajtja a G-Crusher tervet, és megbénítja Godzillát. Hirtelen, a haldokló Rodan, Baby hívására újraéledve, a Baby felé indul, de Mechagodzilla lelövi, és a Godzilla-re zuhan. Rodan életerője regenerálja Godzilla második agyát, és felturbózza azt. Most már mégzeti, mint korábban, Godzilla támad és a magas energiasugaras vörös spirál atomsugarával megsemmisíti a Super-Mechagodzilla-t. Godzilla végül megtalálja a Baby-t, aki eleinte fél a hatalmas szörnyetektől. Miki telepatikusan kommunikál a Baby-vel, meggyőzve őt, hogy menjen Godzilla-val. A két szörny a tenger felé indul. Godzilla kontra SpaceGodzilla: Godzilla-sejtek a Biollante és a Mothra által a Föld körül űrbe kerülve ki vannak téve a fekete lyukból érkező intenzív sugárzásnak, ami SpaceGodzilla létrejöttéhez vezet, amely gyorsan elindul a Föld felé, az út közben egy NASA űrállomást is megsemmisítve. Eközben az Egyesült Nemzetek Godzilla Elleni Intézetének tagjai megérkeznek a Birth-szigetre, hogy elhelyezzenek egy gondolat-irányító készüléket Godzillán. A Cosmos, Mothra ikerpapnői, megjelennek a telepata Miki Saegusa előtt és figyelmeztetik SpaceGodzilla érkezésére. A M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-típus), egy mecha, amelyet a JSDF épített a Mechagodzilla helyettesítésére, azt küldi SpaceGodzilla megakadályozására, de közben károkat szenved. SpaceGodzilla leszáll Birth Island-re és megtámadja Godzilla utódait, a Little Godzilla-t. Godzilla közbeavatkozik, de SpaceGodzilla meghaladja, és tehetetlen az ő klónja Little Godzilla kristálybörtönbe való csapdázásával szemben. SpaceGodzilla elindul Japán felé Godzilla üldözésével. Ezt követően röviddel később a Yakuza elrabolja Miki-t és visszaviszi a Fukuoka-i bázisukra, hogy a pszichikai képességeit felhasználva legyen hatalmasítva Godzilla felett. Miki egy mentőcsapat által megmentve tér vissza, mielőtt SpaceGodzilla érkezik. SpaceGodzilla Középkron Fukuoka központjában landol és egy hatalmas menedéképületet hoz létre a mennyei kristályokból. A M.O.G.U.E.R.A. ismét SpaceGodzilla ellen lép, de továbbra sem mérhető hozzá. Godzilla Kagoshima-öbölbe érkezik és harcol SpaceGodzilla ellen, de SpaceGodzilla könnyedén felülkerekedik. A JSDF felfedezi, hogy SpaceGodzilla Fukuoka Tower-t használ energiakoncernorként, hogy a Föld magját egy olyan energiává alakítsa, amelyet SpaceGodzilla el tud nyelni, ezzel lassan megölve a bolygót. Miközben Godzilla SpaceGodzilla-lal birkózik, M.O.G.E.R.A. két különböző mecha-ra oszlik: a Star Falconra, egy repülő haditengeralattjáróra, és a Land M.O.G.U.E.R.A.-ra, egy toronyból előre nagy fúróval rendelkező tankra. A mecha-k megsemmísítik a kristály erődítményt, miközben Godzilla kidönti a Fukuoka Tower-t, ezzel megszakítva SpaceGodzilla energiaellátását. M.O.G.U.E.R.A. gyorsan újjáalakítja magát, és a SpaceGodzilla kristálszerű vállformációit felrobbanja, gyengítve azt. SpaceGodzilla súlyosan megrongálja M.O.G.U.E.R.A.-t, de ezt követően Godzilla szuperfeltöltött atomhő sugárával elégeti. Godzilla visszatér Birth Island-hez, miután Miki telepátiai erőivel eltávolítja a gondolat-irányító készüléket a nyakából. A Little Godzilla ekkor kiszabadul a kristály börtönből, és apró radioaktív buborékokat kezd fújni.