A Kremlint terrortámadásával vádolt IMF-ügynök Ethan Huntet lemondják a szervezet egészével együtt, amikor az elnök a „Ghost Protocol”-t elindítja. Nincs semmilyen erőforrása vagy támogatása, így Ethannek meg kell találnia a módját, hogy tisztázza ügynöksége nevét és megelőzze egy újabb támadást. Hogy még bonyolultabb legyen, Ethan kénytelen ezt a küldetést egy társaiból álló IMF-túlzott üldözöttek csoportjával elvégezni, akik személyes motivációi nem teljesen ismertek számára.