A közeljövőben az emberek és a mutánsok összecsapásra kerülnek, aggódva amiatt, mit hozhat a jövő a fajuk számára. Egy háború két oldala készülődik: a kevésbé tisztességes mutánsok, élén a hatalmas és rendkívül intelligens Magneto (Ian McKellen), és a másikon az USA szenátora, Kelly (Bruce Davison) és azok az emberek, akik félnek a mutánsoktól. Középpontban áll Professor Charles Xavier (Patrick Stewart), egy mutáns, aki tudja olvasni a gondolatokat, a Xavier School for Gifted (read: mutants) Youngsters vezetője és az X-Men vezetője, egy erős mutánsokból álló konglomerátum, amely egyesíti erejét az igazságért és a békéért. Amikor egy fiatal lány, akit később Rogue-nak (Anna Paquin, The Piano) neveznek ki, elmenekül otthonról, miután felfedezi mutációja halálos erejét, találkozik egy titokzatos figurával a senki földjének szívében, Logan-nal (Hugh Jackman, Ausztrália), aki szintén mutáns regeneráló képességekkel rendelkezik. A párost Magneto zsoldosai csapják össze, de megszöknek, amikor két X-Men, Cyclops (James Marsden) és Storm (Halle Berry) megmenti őket. Logan és Rogue az X-Men központjába kerülnek, ahol Dr. Jean Grey (Famke Janssen) gondozza őket, és lehetővé teszik, hogy maradjanak. Amikor Magneto terveinek részletei nyilvánvalóvá válnak Logan és Rogue elleni támadással kapcsolatban, a csapat megkísérli megakadályozni a gonosztevő azon szándékát, hogy csapást mérjen az emberiségre — és egy közülük életébe kerüljön.