Na de Franse kernbomtesten in de Zuidelijke Stille Oceaan wordt een onbekend schepsel gezien terwijl het oostwaarts door het Panamakanaal passeert. Wetenschapper Niko Tatopolous wordt erbij gehaald om de zaak te onderzoeken, en hij komt al snel tot de conclusie dat een gigantische stralingsgevaarlijke hagedis is ontstaan door de ontploffingen. Godzilla trekt vervolgens naar het noorden, landt bij Manhattan en begint daar wanorde te zaaien in de grote stad. Ook met de gecombineerde krachten van het Amerikaanse leger om het monster te bestrijden, zal het genoeg zijn om de mensen van New York te redden?