Godzilla: Tokyo S.O.S: In 2004 ondergaat Kiryu reparatie-/modificatiebehandelingen na zijn gevecht met Godzilla een jaar eerder. Premier Hayato Igarashi accepteert hoofdwetenschapper Yoshito Chujo's keuze om de Absolute Zero-kanon te vervangen door een krachtige Tri-Maser. De Shobijin (tweeling-feeën van Mothra) waarschuwen de Japanse regering dat Godzilla blijft terugkeren naar Japan omdat ze de botten van de oorspronkelijke Godzilla in Kiryu’s ontwerp hebben gebruikt. Als ze de botten terug naar de bodem van de zee brengen, zou Mothra Kiryu graag vervangen om Japan te verdedigen, maar als ze dat niet doen, zal Mothra oorlog verklaren aan de mensheid. Al snel wordt een gigantische matamata-schildpad, Kamoebas, aangetroffen gewassen aanspoelen op een Japans strand. Uit de verwondingen aan zijn nek wordt afgeleid dat Godzilla hem heeft gedood. Godzilla en Mothra vechten, maar Godzilla lijkt de overhand te hebben. Met de reparaties net op tijd voltooid weet Kiryu de kansen te keren, maar Godzilla weet Kiryu en Mothra toch neer te halen. Ondertussen, op Infant Island, komen twee tweeling-Mothra-larven uit Mothra’s ei en haasten zich om hun moeder te helpen. Terwijl Kiryu opnieuw reparaties ondergaat, proberen de larven Godzilla af te houden, maar Mothra offert zichzelf op door in de weg van Godzilla’s atoomadem te vliegen, waardoor de larven gered worden. Net op tijd worden Yoshito en de mensen Kiryu weer aan het herstellen, die een boor in Gods borst steekt, waardoor Godzilla bloedt en geroar uitlacht. De larven beginnen Godzilla in zijde in te binden. Net wanneer Kiryu’s piloot, Azusa Kisaragi, het bevel van Igarashi ontvangt om Godzilla te vernietigen voordat het Kiryu-project wordt geschrapt, wordt Kiryu’s ziel opnieuw geboren door Godzilla’s grom. De cyborg tilt Godzilla op en vestigt zijn grip met kabels. Kiryu gebruikt vervolgens zijn boosters om zichzelf en Godzilla naar de bodem van de oceaan te dragen. In de mid-credits scène van de film wordt op een onbekende locatie een laboratorium getoond, gevuld met canisters die DNA van talrijke Toho-kaiju bevatten. In de Japanse versie wordt door een verteller aangekondigd dat een “bio-vorming”-experiment met een “uitgestorven subject” op het punt staat plaats te vinden, wat erop wijst dat de JXSDF van plan is een nieuwe mecha- of kaiju-gebaseerde superwapen te creëren, wat betekenen zou kunnen dat Godzilla of een andere monster opnieuw zou kunnen verschijnen. In de Japanse versie worden Godzilla en Kiryu nog één keer gezien, terwijl ze grommen en afdaal naar de oceaan. Godzilla Final Wars: Jaren na een eerste aanval op Tokio in 1954 is Godzilla ingesloten onder ijs in Antarctica na een gevecht met de oorspronkelijke Gotengo. In latere jaren veroorzaken milieuverwoestingen de verschijning van gigantische monsters en supermensen, “mutanten” genoemd, die vervolgens worden gerekruteerd in de Earth Defense Force (EDF) om de monsters te bestrijden. Een verbeterde Gotengo, geleid door kapitein Gordon, bevecht en vernietigt Manda, maar het schip raakt beschadigd in het proces en zijn kapitein Douglas Gordon wordt geschorst bij de EDF. Mutant-soldaat Shinichi Ozaki krijgt de taak om een U.N. bioloog, Dr. Miyuki Otonashi, te bewaken, die gestuurd is om een gemummificeerde monster te bestuderen. Ze worden geteleporteerd naar Infant Island waar ze de Shobijin, de feeën van Mothra, ontmoeten, die het gemummificeerde monster identificeren als Gigan, een buitenaards cyborg die naar de Aarde is gestuurd om deze te vernietigen en uiteindelijk door Mothra is verslagen. Ze waarschuwen dat een strijd tussen goed en kwaad snel zal plaatsvinden en dat Ozaki een kant moet kiezen. Gigantische monsters beginnen verschillende grote steden aan te vallen. De EDF vecht tegen de wezens, die mysterieus verdwijnen op hetzelfde moment dat een buitenaardse moederschip boven Tokio verschijnt. De buitenaards, genaamd Xiliens, waarschuwen dat een inkomende planeet genaamd “Gorath” de Aarde binnenkort zal raken. Een vredesverdrag wordt ondertekend tussen de Aarde en de Xiliens. Ondertussen wordt Minilla, Godzilla’s zoon, gevonden in het bos door een jongen en zijn grootvader. Wantrouwend tegenover de Xiliens ontdekken Ozaki, Miyuki en haar zus Anna dat Gorath die ze zagen eigenlijk een hologram is en dat de buitenaards meerdere EDF-leden hebben vervangen door duplicaten. Nadat hun soort is blootgelegd, doodt hij zijn meerdere om de bevelvoering op zich te nemen; de Xilien-controller X onthult hun plannen om mensen als voedsel te gebruiken terwijl hij de controle over alle mutanten behoudt behalve Ozaki. X heeft ook de monsters onder zijn controle en wekt Gigan op om ze uit te wissen uit de EDF. De groep ontsnapt met Gigan die hen achtervolgt, Gordon die hen overtuigt naar Antarctica te reizen om Godzilla vrij te laten die Gigan moeiteloos vernietigt. De Gotengo stuurt Godzilla vervolgens in de strijd tegen de andere monsters en keert terug naar Tokio om de Xiliens aan te vallen. Na het doorboren van het moederschip worden ze gevangengenomen en voor X gebracht wanneer hij Gorath op Aarde heeft opgeroepen. Hoewel Godzilla Gorath vernietigt net voordat deze crasht, laat het Monster X vrij en de twee monsters escaleren de strijd. Een verbeterde Gigan helpt Monster X, maar wordt onderschept door Mothra, die zwaarbeschadigd raakt terwijl ze erin slaagt de cyborg te vernietigen. In het Xilien-schip breekt een gevecht uit terwijl ze de mens niet kunnen beheersen vanwege de zegen van de Shobijins, X onthult dat zowel hij als Ozaki superieure wezens zijn die bekend staan als “Keizers”. X raakt dodelijk gewond, maar triggert de zelfdestructie van het schip terwijl de groep terugvalt naar de Gotengo vlak voordat het moederschip explodeert. Godzilla en Monster X zetten hun gevecht voort terwijl de latere zijn ware vorm aanneemt, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah heeft aanvankelijk de overhand, maar Godzilla slaagt erin te zegevieren op het eind. Minilla verschijnt op de scène en overtuigt Godzilla ervan het Gotengo niet te vernietigen. De overlevenden zien Godzilla en Minilla terugkeren naar de oceaan.