Godzilla vs. MechaGodzilla II: In 1992 vestigt de Verenigde Naties het United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) om Godzilla te stoppen. Het mechanische middelste hoofd van Mecha-King Ghidorah wordt door de militaire tak van de UNGCC, bekend als G-Force, gerecupereerd en reverse engineered om twee anti-Godzilla-machines te creëren, de eerste een luchtruimslagschip genaamd Garuda en een mecha gemodelleerd naar Godzilla genaamd Mechagodzilla. Twee jaar later, op een missie naar Adona-eiland in de Beringstraat, stuit een Japans team op wat zij vermoeden een groot Pteranodon-ei is. Het ei geeft een telepathisch signaal af dat Godzilla en Rodan aangetrokken, een volwassen Pteranodon die door radioactief afval is geïrradieerd. Godzilla verwondt Rodan ernstig tijdens het daaropvolgende gevecht, terwijl het onderzoeks team met het ei weet te ontsnappen. Het ei wordt naar een onderzoekscentrum in Kyoto gebracht, waar het een jonge vrouwelijke wetenschapper imprints. Wanneer een Baby Godzilla uit het ei uitkomt, concluderen de onderzoekers dat het ei in het Pteranodon-nest bij Rodan is achtergelaten op een manier die lijkt op het broedparasitisme zoals getoond door Europese koekoeken. Godzilla verschijnt opnieuw in Japan en reageert op de psychische roep van het schepsel. De JSDF mobiliseert Mechagodzilla, die Godzilla onderschept terwijl hij zijn weg naar Kyoto maakt. De twee vechten, waarbij Mechagodzilla het schijnbaar voor het zeggen heeft totdat Godzilla Mechagodzilla uitschakelt met een energiegolf. Godzilla blijft Baby zoeken, maar de wetenschappers, die de telepathische verbinding tussen de monsters hebben ontdekt, beschermen het tegen Godzilla. Gefrustreerd vernietigt Godzilla het grootste deel van Kyoto voordat hij terugkeert naar de oceaan. Tests op de baby onthullen dat het een tweede hersenen heeft in zijn heupen die de beweging van het dier aanstuurt. De UNGCC veronderstelt dat dit ook voor Godzilla geldt en besluit Baby te gebruiken om Godzilla in een gevecht met Mechagodzilla te lokken. De “G-Crusher” wordt geïnstalleerd in de polsen van Mechagodzilla, waardoor de robot door Godzilla's huid kan dringen en het monster kan verlammen door zijn tweede hersen te vernietigen. Miki Saegusa, een jonge helderziende, krijgt de opdracht om deel uit te maken van Mechagodzilla's bemanning en om Godzilla's wervelhersenen te lokaliseren. Zij voelt zich terughoudend om dit te doen, vanwege haar mentale connectie met Godzilla (zoals vastgesteld in Godzilla vs. Biollante), maar volgt haar bevelen. Het plan slaagt niet wanneer Rodan, die zijn gevecht met Godzilla heeft overleefd en verder is gemuteerd door straling, reageert op Baby's roep en de UNGCC-transport onderschept. De UNGCC wordt gedwongen Mechagodzilla en Garuda naar Rodan te sturen in plaats daarvan en in het daaropvolgende gevecht wordt Rodan dodelijk gewond. Godzilla verschijnt enkele ogenblikken later en valt Mechagodzilla aan. Wanneer de twee gestaag aan elkaar gelijk opgaan, combineert Mechagodzilla met Garuda. De geüpgradede Mechagodzilla, genaamd Super-Mechagodzilla, voert het G-Crusher-plan uit en slaagt erin Godzilla te verlammen. Plotseling begint de stervende Rodan, opnieuw herrezen door Baby's roep, richting Baby te vliegen, maar wordt neergeschoten door Mechagodzilla en stort neer boven Godzilla. Rodans levensenergie regeneert Godzilla's tweede hersenen en geeft het extra kracht. Nu onstopbaar als nooit tevoren valt Godzilla aan en vernietigt Super-Mechagodzilla met een hoogvermogen rode spirale atoomstraal. Godzilla vindt uiteindelijk Baby, die aanvankelijk bang is voor het reuzenmonster. Miki communiceert telepathisch met Baby en overtuigt het om met Godzilla mee te gaan. De twee monsters gaan de zee op. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzilla-cellen die door Biollante en Mothra in de ruimte zijn gebracht, worden blootgesteld aan intense straling van een zwart gat, wat leidt tot de geboorte van “SpaceGodzilla”, die al snel zijn weg naar de Aarde vindt en onderweg een NASA-ruimtestation vernietigt. Ondertussen arriveren leden van het United Nations Godzilla Countermeasures Center op Birth Island om een hersenbedwingingsapparaat op Godzilla te planten. De Cosmos, de tweelingpriestessen van Mothra, verschijnen bij psychische Miki Saegusa en waarschuwen haar voor de komst van SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), een mecha gebouwd door de JSDF om Mechagodzilla te vervangen, wordt ingestuurd om SpaceGodzilla te onderscheppen, maar loopt schade op tijdens het proces. SpaceGodzilla landt op Birth Island en valt Gods zoon uit, Little Godzilla, aan. Godzilla grijpt in maar loopt tegen SpaceGodzilla aan en is machteloos om te voorkomen dat diens kloon Little Godzilla in een kristallen gevangenis opsluit. SpaceGodzilla vertrekt naar Japan met Godzilla in achtervolging. Kort daarna ontvoeren Yakuza Miki en brengen haar terug naar hun basis in Fukuoka in een poging om haar paranormale vaardigheden te gebruiken om controle over Godzilla te krijgen. Miki wordt gered door een reddingsteam voordat SpaceGodzilla arriveert. SpaceGodzilla landt in het centrum van Fukuoka en vormt een enorme vesting van hemelachtige kristallen. M.O.G.U.E.R.A. arriveert om SpaceGodzilla opnieuw te bestrijden, maar staat nog steeds machteloos tegen hem. Godzilla arriveert in Kagoshima Bay en vecht SpaceGodzilla, maar SpaceGodzilla krijgt het overwicht. De JSDF ontdekt dat SpaceGodzilla gebruikmaakt van de Fukuoka-toren als een kracht-converter, waarmee hij de kern van de Aarde omzet in een energie die SpaceGodzilla kan absorberen, waardoor de planeet langzaam sterft. Terwijl Godzilla worstelt met SpaceGodzilla, splitst M.O.G.E.R.A. in twee verschillende mechas: de Star Falcon, een vliegende oorlogsschip, en de Land M.O.G.U.E.R.A., een tank met een grote boor voorop. De mechas beschadigen het kristallijne fort terwijl Godzilla de Fukuoka-toren omver duwt, waardoor SpaceGodzilla's energietoevoer wordt afgesneden. M.O.G.U.E.R.A. vormt zich snel opnieuw en blaast SpaceGodzilla's kristalachtige schouders ter-dichtbij uiteen, waardoor het verzwakt wordt. SpaceGodzilla schaadt M.O.G.U.E.R.A. ernstig, maar wordt daarna door Gods supercharged atoomhete straal gecreëerd. Godzilla maakt zijn weg terug naar Birth Island nadat Miki zijn paranormale krachten gebruikt heeft om het hersenbedwingingsapparaat uit de nek te verwijderen. Little Godzilla wordt vervolgens bevrijd uit de kristallen gevangenis en begint kleine radioactieve luchtbellen te blazen.