Beschuldigd van de terroristische bombing van het Kremlin, wordt IMF-operatieve Ethan Hunt ontkend samen met de rest van het agentschap wanneer de president “Ghost Protocol” initieert. Leeg van alle middelen of back-up moet Ethan een manier vinden om de naam van zijn agentschap te redden en een volgende aanval te voorkomen. Om de zaak nog ingewikkelder te maken, wordt Ethan gedwongen deze missie te ondernemen met een team van mede-IMF- voortvluchtigen wiens persoonlijke motieven hij niet volledig kent.