Het is een rustige dag in Japan wanneer een vreemde waterspuit uitbarst in de baai, wat paniek veroorzaakt onder overheidsfunctionarissen. Eerst vermoeden ze alleen vulkanische activiteit, maar één jonge uitvoerder durft zich af te vragen of het misschien iets anders is… iets levends. Zijn ergste nachtmerrie komt tot leven wanneer een massieve, gefindigde monster uit de diepte tevoorschijn komt en door de stad begint te razen, achterlatend niets dan verwoesting in zijn kielzog. Terwijl de regering haast maakt om de burgers te redden, snijdt een armoedig team van vrijwilligers door een netwerk van bureaucratische rompslomp om de zwakte van het monster te achterhalen en de mysterieuze banden met een buitenlandse supermacht te ontrafelen. Maar tijd is niet aan hun zijde – de grootste catastrofe die ooit de wereld getroffen heeft staat op het punt zich voor hun ogen te ontwikkelen.