John Connor is de man die voorbestemd is om de menselijke weerstand tegen Skynet en zijn leger Terminators te leiden. Maar de toekomst waarin Connor is opgegroeid te geloven, wordt deels verstoord door de komst van Marcus Wright, een onbekende met als laatste herinnering dat hij op de dodencel stond. Connor moet besluiten of Marcus uit de toekomst is gestuurd, of uit het verleden gered. Terwijl Skynet zich voorbereidt op zijn slechtere aanval, beginnen Connor en Marcus aan een odyssee die hen naar het hart van Skynets operaties brengt, waar ze het verschrikkelijke geheim achter de mogelijke uitroeiing van de mensheid ontrafelen.