Judy Hopps (gespeeld door Ginnifer Goodwin) wil politieagent worden. Het is haar ene en enige droom, maar bij elke stap wordt ze told meermaals “nee” te horen. Ze is te klein, zeggen ze. Geen enkel konijn is ooit in de wetshandhaving terechtgekomen. Haar ouders (gespeeld door Bonnie Hunt en Don Lake) willen dat ze doorgaat in het familiebedrijf van wortelteelt. Maar ze is een vastberaden klein knaagdiertje, gaat naar de politieacademie, trotseert de kansen en slaagt niet alleen, maar slaagt als beste van haar klas. Ze gaat voor het eerst in haar leven zelfstandig op pad naar Zootopia, waar ze hoopt haar droom te verwezenlijken: slechte jongens oppakken en de wereld veilig houden voor dieren van alle vormen en maten. Helaas wordt ze toch tegengehouden door haar formaat. Geen van haar collega's, inclusief haar chief, Bogo (gespeeld door Idris Elba), gelooft in haar capaciteiten. Ze wordt teruggeplaatst naar baan als verkeersbureau-medewerker, maar ze besluit de beste verkeersagente te worden die ze kan zijn. Dat leidt tot een toevallige ontmoeting met een sluwe vos, oplichter Nick Wilde (gespeeld door Jason Bateman). Ze valt voor zijn truc, maar leert al snel de waarheid over wie hij werkelijk is. Ze weet ook op eigen kracht echte politiewerk te verrichten: een vermist persoon zaak. Bogo geeft haar 48 uur de tijd om de zaak op te lossen of haar insigne in te leveren wegens het negeren van orders. Als ze zo snel te werk moet gaan, heeft ze hulp nodig. Ze wendt zich tot Nick, die haar tegen betaling in haar zaak weet te smokkelen. De twee ontwikkelen een vriendschap terwijl ze een mysterie ontrafelen dat ernstige gevolgen kan hebben en de harmonieuze balans tussen roof- en prooidieren in gevaar kan brengen.