Etter de franske atombombetestene i Sør-Stillehavet blir en ukjent skapning observert passere østover gjennom Panamakanalen. Vitenskapsmannen Niko Tatopolous blir innkalt for å undersøke saken, og han kommer raskt til konklusjonen at en gigantisk, irradiert øgle er blitt skapt av eksplosjonene. Godzilla begynner deretter å bevege seg nordover, lander i Manhattan for å begynne å herse i storbyen. Selv med de samlede styrkene til det amerikanske militæret for å bekjempe monsteret, vil det være nok til å redde folket i New York?