Godzilla: Tokyo S.O.S: I 2004 gjennomgår Kiryu reparasjonsmodifikasjoner etter kampen med Godzilla ett år tidligere. Statsminister Hayato Igarashi godkjenner ledende forsker Yoshito Chujos valg om å erstatte Absolute Zero-kanonen med en kraftig Tri-Maser. Shobijin (Mothras tvillingfe) advarer den japanske regjeringen om at Godzilla fortsetter å vende tilbake til Japan fordi de brukte de originale Godzillas bein i Kiryu-designen. Om de returnerer beina til bunnen av havet, vil Mothra gjerne ta Kiryu sin plass i å forsvare Japan, men hvis de ikke gjør det, vil Mothra erklære krig mot menneskeheten. Snart finner man en gigantisk mata mata-skilpadde, Kamoebas, skyllet inn mot en japansk strand. Det fastslås av sår i Kamoebas’ hals at Godzilla har drept den. Godzilla og Mothra kjemper, men Godzilla ser ut til å ha overtaket. Med reparasjonene fullført akkurat i tide, klarer Kiryu å jevne ut oddsen, men Godzilla klarer fortsatt å slå både den og Mothra ut. Imens, på Infant Island, klækker to tvillinglarver av Mothras larver fra Mothras egg og skynder seg for å hjelpe moren sin. Mens Kiryu gjennomgår reparasjoner igjen, prøver larvene å holde Godzilla unna, men Mothra ofrer seg ved å flakse i veien for Godzillas atomare ånde, og redder larvene. Nettopp i tide reparerer Yoshito og menneskene Kiryu, som stikker Godzillas bryst med en drill, noe som får Godzilla til å blø og brøle av smerte. Larvene begynner å binde Godzilla inn i silke. Rett som Kiryu-piloten Azusa Kisaragi får ordre fra Igarashi om å ødelegge Godzilla før Kiryu-prosjektet blir nedlagt, blir Kiryu-sjelen gjenopplivet gjennom Godzillas brøl. Cyborgen løfter Godzilla og har fast grep med kabler. Kiryu bruker deretter sine boostere for å bære seg selv og Godzilla til bunnen av havet. I filmens post-kredittscene vises et laboratorium på et uoppgitt sted, fylt med kanister som inneholder DNA av mange Toho-kaiju. Det blir sagt i den japanske versjonen via en forteller som annonserer at et «bio-formasjon»-eksperiment med et «utdødt subjekt» er i ferd med å finne sted, noe som antyder at JXSDF planlegger å skape enda en mecha- eller kaiju-basert supervåpen, noe som kan bety at Godzilla eller en annen monster igjen kan dukke opp. I den japanske versjonen blir Godzilla og Kiryu sett én gang til, brøle mens de synker ned i havet. Godzilla Final Wars: År etter et innledende angrep av Tokyo i 1954, blir Godzilla fryst ned under isen i Antarktis etter en kamp med den opprinnelige Gotengo. I senere år fører miljøkatastrofer til fremveksten av gigantiske monstre og supermennesker, kalt «mutants», som deretter rekrutteres til Earth Defense Force (EDF) for å bekjempe monstrene. En oppgradert Gotengo, kommandert av kaptein Gordon, kjemper mot og ødelegger Manda, men skipet havarerer i prosessen og kaptein Douglas Gordon blir suspendert fra EDF. Mutant-soldat Shinichi Ozaki får i oppgave å beskytte en FN-biolog, Dr. Miyuki Otonashi, som sendes for å studere en mumifisert monster. De blir teleported til Infant Island hvor de møter Shobijin, feer av Mothra, som avslører at den mumifiserte monsteret er Gigan, en romvesen-cyborg sendt for å ødelegge jorden som til slutt ble slått av Mothra. De advarer om at en kamp mellom godt og ondt vil skje snart og at Ozaki må velge side. Kjempemonstre begynner å angripe flere store byer. EDF bekjemper vesenene, som forsvinner mystisk samtidig som en alienske morskip dukker opp over Tokyo. Romvesenene, kalt Xiliens, advarer om at en innkommende planet kalt «Gorath» snart vil treffe jorden. En fredsavtale signeres mellom jorden og Xiliens. I mellomtiden blir Minilla, Godzillas sønn, funnet i skogen av en gutt og hans bestefar. Mistroiske til Xiliens oppdager Ozaki, Miyuki og hennes søster Anna at Gorath de så er faktisk en hologram og at romvesenene har erstattet flere EDF-medlemmer med duplikater. Etter at deres art blir avslørt, dreper Ozakis overordnede for å overta kommandoen, avslører Xilien-kontrolleren X deres planer om å bruke mennesker som mat mens de tar kontroll over alle mutanter unntatt Ozaki. X har også monstrene plassert under sin kontroll og vekker Gigan for å utslette EDF. Gruppen kommer seg unna, med Gigan som forfølger dem, Gordon som overbeviser dem om å reise til Antarktis for å frigjøre Godzilla, som lett ødelegger Gigan. Gotengo fører deretter Godzilla inn i kamp med de andre monstrene og returnerer til Tokyo for å møte Xiliens. Etter å ha trengt inn i morskipet blir gruppen tatt til fange og brakt foran X mens han har kalt Gorath til jorden. Selv om Godzilla ødelegger Gorath rett før den krasjer, utløser den Monster X og de to monstrene kjemper. En oppgradert Gigan hjelper Monster X, men blir avbrutt av Mothra, som blir alvorlig såret samtidig som hun klarer å ødelegge cyborgen. I Xilien-skipet, mens en kamp bryter ut og menneskene ikke kan få kontroll på Shobijinene sin velsignelse, avslører X at både han og Ozaki er overlegne vesener kjent som «Keizers». X blir dødelig såret, men utløser skipets selvdestruksjon mens gruppen trekker seg tilbake til Gotengo bare sekunder før morskipet eksploderer. Godzilla og Monster X fortsetter kampen mens den sistnevnte forvandles til sin sanne form, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah får innledningsvis overtaket, men Godzilla viser seg å være seirende til slutt. Minilla dukker opp på stedet og overbeviser Godzilla om ikke å ødelegge Gotengo. Overlevende ser Godzilla og Minilla vende tilbake til havet.