Godzilla vs. MechaGodzilla II: I 1992 oppretter De forente nasjoner United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) for å stoppe Godzilla. Den mekaniske mellomhjelmen av Mecha-King Ghidorah blir reddet av UNGCCs militære gren, kjent som G-Force, og omvendt utviklet til to ant-Godzilla-maskiner, den første er et luftbårent kanonfartøy kalt Garuda og en mecha modellert etter Godzilla kalt Mechagodzilla. To år senere, på en oppdrag til Adona-øya i Beringhavet, kommer et japansk team over det som antas å være et stort Pteranodon-egg. egget avgir et telepatisk signal som tiltrekker Godzilla og Rodan, en voksen Pteranodon som er bestrålt av kjernevåtsing. Godzilla sårer Rodan kritisk i den påfølgende bataljen, mens forskerteamet flykter med egget. Det blir tatt til et forskningssenter i Kyoto, hvor det imprints på en ung kvinnelig vitenskapskvinne. Når et Baby Godzilla klekker ut av egget, konkluderer forskerteamet med at egget ble ligget igjen i Pteranodon-redet med Rodan på en måte som ligner eggplukking (brood parasitism) som europeiske gjeterhawer viser. Godzilla dukker opp i Japan, igjen som svar på skapningens psykiske kall. JSDF mobiliserer Mechagodzilla, som avbryter Godzillas vei mot Kyoto. De to kjemper, med Mechagodzilla som ser ut til å ha overtaket inntil Godzilla deaktiverer Mechagodzilla med en energipuls. Godzilla fortsetter å lete etter Baby, men forskerne, som har oppdaget den telepatisk lenken mellom monstrene, beskytter det mot Godzilla. Frustrert ødelegger Godzilla mesteparten av Kyoto før han returnerer til havet. Tester på barnet viser at det har en andre hjerne i hoftene som styrer dyrets bevegelse. UNGCC antar at dette også gjelder for Godzilla, og bestemmer seg for å bruke Baby til å lokke Godzilla inn i et oppgjør med Mechagodzilla. «G-Crusher» installeres i Mechagodzillas håndledd, slik at roboten kan trenge gjennom Godzillas skjold og lamme monsteret ved å ødelegge dens andre hjerne. Miki Saegusa, en ung psykiker, får ordre om å bli en del av Mechagodzillas mannskap og å lokalisere Godzillas ribbver i ryggraden. Hun nøler med å gjøre det, på grunn av sin mentale forbindelse med Godzilla (etablert i Godzilla vs. Biollante), men følger sine ordre. Planen mislykkes når Rodan, som har overlevd slaget med Godzilla og further mutert av stråling, svarer på Baby’s kall og avbryter UNGCC-transporten. UNGCC blir tvunget til å sende Mechagodzilla og Garuda etter Rodan i stedet, og i den påfølgende kampen blir Rodan dødelig såret. Godzilla dukker opp sekunder senere og angriper Mechagodzilla. Når de to ser ut til å være jevnt likestilte, slår Mechagodzilla seg sammen med Garuda. Den oppgraderte Mechagodzilla, kalt Super-Mechagodzilla, gjennomfører G-Crusher-planen og lykkes i å lamme Godzilla. Plutselig, den døende Rodan, igjen gjenopplivet av Baby’s kall, begynner å fly mot Baby, men blir skutt ned av Mechagodzilla, og styrter oppå Godzilla. Rodans livskrefter regenererer Godzillas andre hjerne og gir den superkraft. Nå mer ustoppelig enn før angriper Godzilla og ødelegger Super-Mechagodzilla med en høystyrke rød spiral atomstråle. Godzilla finner endelig Baby, som i starten er redd for den gigantiske monstruosen. Miki kommuniserer telepatisk med Baby og overbeviser det om å følge med Godzilla. De to monstrene setter kurs mot havet. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzilla-celler som ble tatt med ut i rommet av Biollante og Mothra utsettes for intens stråling fra et svart hull, noe som resulterer i fødselen av "SpaceGodzilla", som raskt tar seg til jorden og ødelegger en NASA-romstasjon på veien. I mellomtiden ankommer medlemmer av United Nations Godzilla Countermeasures Center Birth Island for å plante en tankegang-enhet på Godzilla. Cosmos, Mothras tvillingsøstre, ser ut til sinnet Miki Saegusa og advarer henne om SpaceGodzillas ankomst. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), en mecha bygget av JSDF for å erstatte Mechagodzilla, sendes inn for å avbryte SpaceGodzilla, men lider skade i prosessen. SpaceGodzilla lander på Birth Island og angriper Godzillas avkom, Little Godzilla. Godzilla griper inn, men føler seg overveldet av SpaceGodzilla, og maktesløs til å forhindre at dens klone fanger Little Godzilla i et krystallfengsel. SpaceGodzilla reiser til Japan med Godzilla i forfølgelse. Kort tid etter kidnapper Yakuza Miki og tar henne med tilbake til basen i Fukuoka i et forsøk på å bruke hennes psykiske evner for å få kontroll over Godzilla. Miki blir reddet av et redningsteam før SpaceGodzilla kommer. SpaceGodzilla lander i sentrum av Fukuoka og former en enorm festning av himmelske krystaller. M.O.G.U.E.R.A. kommer tilbake for å kjempe SpaceGodzilla igjen, men er fortsatt ingen match for den. Godzilla kommer til Kagoshima-bukten og kjemper SpaceGodzilla, men SpaceGodzilla tar lett overtaket. JSDF oppdager at SpaceGodzilla bruker Fukuoka-tårnet som en kraftomformer, og bruker den til å transformere jordens kjerne til en energi som SpaceGodzilla kan absorbere, og slowy dreper planeten. Mens Godzilla kjemper mot SpaceGodzilla, deler M.O.G.E.R.A. seg i to forskjellige mechas: Star Falcon, et flygende slagskip, og Land M.O.G.U.E.R.A., en tank med en stor drill foran seg. Mechene skader krystal-festningen mens Godzilla skjøter Fukuoka-tårnet, og kutter SpaceGodzillas energiforsyning. M.O.G.U.E.R.A. reformerer raskt og blast av SpaceGodzillas krystall-lignende skulderoppbygginger, og svekker det. SpaceGodzilla skader M.O.G.U.E.R.A. alvorlig, men blir senere brent opp av Godzillas superladede atomvarme-stråle. Godzilla tar seg tilbake til Birth Island etter at Miki bruker sine psykiske krefter for å fjerne tankenhets-enheten fra nakken. Little Godzilla blir deretter frigjort fra krystallfengselet og begynner å blåse små radioaktive bobler.