Det er en fredelig dag i Japan når en merkverdig vannfontene bryter ut i bukten og forårsaker panikk blant myndighetspersoner. Først mistenker de bare vulkansk aktivitet, men en ung leder våger å undre om det kan være noe annet… noe levende. Hans verste mareritt får liv når et massivt, gjellerikt monster stiger opp fra dypet og begynner å rive gjennom byen, og etterlater ingenting annet enn ødeleggelse i kjølvannet. Når regjeringen skyndter seg å redde innbyggerne, kutter et fusentast av frivillige gjennom byråkratiets nett til å avdekke monsterets svakhet og dets mystiske bånd til en fremmed supermakt. Men tiden er ikke på deres side – den største katastrofen som noen gang har rammet verden er i ferd med å utvikle seg rett foran øynene deres.