Alienes fra Planet X kommer med et uimotståelig tilbud til menneskeheten: la dem låne Godzilla og Rodan for å hjelpe til med å bekjempe King Ghidorah, og i bytte vil de gi en kur mot alle kjente menneskelige sykdommer. Men alienes bedrag blir snart avslørt, ettersom de setter i scene alle tre monster i sitt søk etter å erobre Jorden.