Oskarżony o zamach terrorystyczny na Kreml, agent IMF Ethan Hunt zostaje odwołany od wszelkich zasobów wraz z resztą agencji, gdy Prezydent uruchamia „Ghost Protocol”. Pozbawiony jakichkolwiek źródeł i wsparcia, Ethan musi znaleźć sposób, aby oczyścić imię swojej agencji i powstrzymać kolejny atak. Aby sprawy skomplikować jeszcze bardziej, Ethan zostaje zmuszony do podjęcia tej misji z zespołem innych zbiegów IMF, których osobiste motywy nie są mu do końca znane.