Godzilla: Tokyo S.O.S: Em 2004, Kiryu está passando por modificações de reparo após sua batalha com Godzilla um ano antes. O Primeiro-Ministro Hayato Igarashi aceita a escolha do Cientista-C-chefe Yoshito Chujo de substituir o Absolute Zero Cannon por um poderoso Tri-Maser. Os Shobijin (as fadas gêmeas da Mothra) alertam o governo japonês de que Godzilla continua retornando ao Japão porque usaram os ossos do Godzilla original no design de Kiryu. Se devolverem os ossos ao fundo do mar, Mothra ficaria feliz em tomar o lugar de Kiryu na defesa do Japão, mas se não o fizerem, Mothra declarará guerra à humanidade. Logo, Kamoebas, uma tartaruga gigante mata-mata, é encontrada boiando na praia japonesa. Pela gravidade dos ferimentos no pescoço de Kamoebas, chega-se à conclusão de que Godzilla a matou. Godzilla e Mothra travam batalha, mas Godzilla parece ter vantagem. Com os reparos concluídos a tempo, Kiryu consegue equilibrar as probabilidades, mas Godzilla ainda derruba ambos. Enquanto isso, em Infant Island, duas lagartas gêmeas de Mothra eclodem do ovo de Mothra e correm para ajudar a mãe. Enquanto Kiryu passa por reparos novamente, as lagartas tentam manter Godzilla à distância, mas Mothra se sacrifica ao voar na direção do hálito atômico de Godzilla, salvando as lagartas. Justo a tempo, Yoshito e os humanos reparam Kiryu, que crava uma broca no peito de Godzilla, fazendo Godzilla sangrar e uivar de dor. As lagartas começam a envolver Godzilla com seda. Justo quando o piloto de Kiryu, Azusa Kisaragi, recebe a ordem de Igarashi para destruir Godzilla antes que o projeto Kiryu seja descartado, a alma de Kiryu é reavivada pelo rugido de Godzilla. O ciborgue ergue Godzilla e prende-o com cabos. Kiryu então usa seus propulsores para carregar a si mesmo e Godzilla até o fundo do oceano. Na cena pós-créditos do filme, em um local não divulgado, é mostrado um laboratório, cheio de frascos que contêm o DNA de inúmeros kaiju da Toho. A versão japonesa declara, através de um narrador anunciando que um experimento de "bio-formação" envolvendo um "assunto extinto" está prestes a acontecer, sugerindo que o JXSDF planeja criar outra arma superpoderosa baseada em mecha ou kaiju, o que poderia significar que Godzilla ou outro monstro poderia reaparecer. Na versão japonesa, Godzilla e Kiryu são vistos mais uma vez, rugindo enquanto descem ao oceano. Godzilla Final Wars: Anos após um ataque inicial em Tóquio em 1954, Godzilla fica aprisionado sob o gelo na Antártida após uma batalha com o Gotengo original. Em anos posteriores, desastres ambientais provocam o aparecimento de monstros gigantes e super-humanos, chamados de "mutantes", que são recrutados pela Earth Defense Force (EDF) para combater os monstros. Um Gotengo atualizado, comandado pelo Capitão Gordon, batalha e destrói Manda, mas a nave fica destruída no processo e seu capitão Douglas Gordon é afastado da EDF. O soldado mutante Shinichi Ozaki é encarregado de proteger uma bióloga da ONU, Dr. Miyuki Otonashi, que é enviada para estudar um monstro mumificado. Eles são teletransportados para Infant Island, onde encontram os Shobijin, fadas de Mothra, que revelam o monstro mumificado como Gigan, um cyborg alienígena enviado para destruir a Terra, que foi derrubado por Mothra. Eles alertam que uma batalha entre o bem e o mal ocorrerá em breve e que Ozaki deve escolher um lado. Monstros gigantes começam a atacar várias cidades importantes. A EDF envolve as criaturas, que misteriosamente somem ao mesmo tempo em que uma nave-mãe alienígena aparece sobre Tóquio. Os aliens, chamados Xiliens, alertam que um planeta que chega chamado "Gorath" logo impactará a Terra. Um pacto de paz é assinado entre a Terra e os Xiliens. Enquanto isso, Minilla, o filho de Godzilla, é encontrado na floresta por um garoto e seu avô. Desconfiando dos Xiliens, Ozaki, Miyuki e sua irmã Anna descobrem que Gorath que viram é na verdade um holograma e que os alienígenas substituíram vários membros da EDF por duplicatas. Após serem expostos, matando seu superior para assumir o comando, o Controlador X dos Xiliens revela seus planos de usar os humanos como fonte de alimento enquanto assume o controle de todos os mutantes, exceto Ozaki. X também tem os monstros sob seu controle e desperta Gigan para que eles acabem com a EDF. O grupo foge com Gigan os perseguindo, Gordon os convence a viajar para a Antártida para libertar Godzilla, que facilmente destrói Gigan. O Gotengo então guia Godzilla para a batalha contra os outros monstros e retorna a Tóquio para enfrentar os Xiliens. Após penetrar a nave-mãe, o grupo é capturado e levado diante de X, pois ele convocou Gorath à Terra. Embora Godzilla destrua Gorath pouco antes de ele cair, ele libera Monster X e os dois monstros travam batalha. Um Gigan atualizado ajuda Monster X, mas é interceptado por Mothra, que fica gravemente ferida enquanto consegue destruir o cyborg. Na nave Xilien, enquanto uma luta estoura e não é possível tomar o controle do humano devido à bênção das Shobijins, X revela que ele e Ozaki são seres superiores conhecidos como "Keizers". X fica mortalmente ferido, mas aciona a autodestruição da nave enquanto o grupo recua para o Gotengo momentos antes da explosão da nave-mãe. Godzilla e Monster X continuam sua batalha enquanto o último se transforma em sua forma verdadeira, Keizer Ghidorah. Keizer Ghidorah inicialmente leva a melhor, mas Godzilla sai vitorioso no fim. Minilla aparece na cena e convence Godzilla a não destruir o Gotengo. Os sobreviventes assistem Godzilla e Minilla retornando ao oceano.