Godzilla vs. MechaGodzilla II: Em 1992, as Nações Unidas estabelecem o United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC) para deter Godzilla. A cabeça média mecânica de Mecha-King Ghidorah é recuperada pela rama militar do UNGCC, conhecida como G-Force, e revertida para criar duas máquinas anti-Godzilla, a primeira sendo uma aeronave de vigilância chamada Garuda e um mecha modelado após Godzilla chamado Mechagodzilla. Dois anos depois, em uma missão à Ilha Adona no Mar de Bering, uma equipe japonesa encontra o que eles presumem ser um grande ovo de Pteranodon. O ovo emite um sinal telepático que atrai Godzilla e Rodan, um Pteranodon adulto irradiado pelo lixo nuclear. Godzilla ferra gravemente Rodan durante a batalha que se segue, enquanto a equipe de pesquisa foge com o ovo. Ele é levado para um centro de pesquisa em Kyoto, onde se imprime em uma jovem cientista. Quando um Baby Godzilla nasce do ovo, a equipe de pesquisa conclui que o ovo foi deixado no ninho do Pteranodon com Rodan de maneira semelhante à brood parasitism exibida por cucos europeus. Godzilla surge no Japão, respondendo novamente ao chamado psíquico da criatura. O JSDF mobiliza Mechagodzilla, que intercepta Godzilla no caminho para Kyoto. Os dois travam combate, com Mechagodzilla parecendo ter vantagem até que Godzilla desativa Mechagodzilla com um pulso de energia. Godzilla continua procurando o bebê, mas os cientistas, após descobrirem a ligação telepática entre os monstros, o protegem de Godzilla. Frustrado, Godzilla destrói a maior parte de Kyoto antes de retornar ao oceano. Testes no bebê revelam que ele tem um segundo cérebro em seus quadris que controla o movimento do animal. O UNGCC supõe que isso também é verdade para Godzilla, e decide usar o Baby para atrair Godzilla para uma luta com Mechagodzilla. O “G-Crusher” é instalado nos pulsos de Mechagodzilla, permitindo que o robô penetre na pele de Godzilla e paralise o monstro ao destruir o segundo cérebro dele. Miki Saegusa, uma jovem psíquica, é ordenada a tornar-se parte da tripulação de Mechagodzilla e a localizar o cérebro espinhal de Godzilla. Ela reluta em fazê-lo, devido à sua ligação mental com Godzilla (estabelecida em Godzilla vs. Biollante), mas segue suas ordens. O plano falha quando Rodan, tendo sobrevivido à batalha com Godzilla e ainda mais mutado pela radiação, responde ao chamado de Baby e intercepta o transporte do UNGCC. O UNGCC é forçado a enviar Mechagodzilla e Garuda atrás de Rodan, e, no subsequente combate, Rodan fica mortalmente ferido. Godzilla aparece momentos depois e ataca Mechagodzilla. Quando os dois parecem estar empatados, Mechagodzilla se funde com Garuda. O Mechagodzilla atualizado, chamado Super-Mechagodzilla, executa o plano G-Crusher e consegue paralisar Godzilla. De repente, o moribundo Rodan, mais uma vez revivido pelo chamado de Baby, começa a voar em direção a Baby, mas é abatido por Mechagodzilla, que cai em cima de Godzilla. A força vital de Rodan regenera o segundo cérebro de Godzilla e o supercarrega. Agora mais imparável do que antes, Godzilla ataca e destrói Super-Mechagodzilla com um raio atômico em espiral de alta energia. Godzilla finalmente localiza Baby, que à primeira vista tem medo do gigante monstro. Miki se comunica telepaticamente com Baby, convencendo-o a ir com Godzilla. Os dois monstros partem para o mar. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Células de Godzilla trazidas ao espaço por Biollante e Mothra são expostas a uma radiação intensa de um buraco negro, resultando no nascimento de "SpaceGodzilla", que rapidamente se dirige à Terra, destruindo uma estação espacial da NASA no caminho. Enquanto isso, membros do United Nations Godzilla Countermeasures Center chegam à Birth Island para plantar um dispositivo de controle mental sobre Godzilla. O Cosmos, as gêmeas sacerdotisas de Mothra, aparecem para Miki Saegusa psíquica e alertam-na da chegada de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), um mecha construído pelo JSDF para substituir Mechagodzilla, é enviado para interceptar SpaceGodzilla, mas sofre danos no processo. SpaceGodzilla pousa em Birth Island e ataca a prole de Godzilla, Little Godzilla. Godzilla intervém, mas se vê sobrepujado por SpaceGodzilla e é incapaz de impedir que seu clone prenda Little Godzilla em uma prisão de cristal. SpaceGodzilla parte para o Japão com Godzilla em perseguição. Logo depois, Yakuza sequestra Miki e a leva de volta à sua base em Fukuoka, na tentativa de usar suas habilidades psíquicas para obter controle sobre Godzilla. Miki é salva por uma equipe de resgate antes que SpaceGodzilla chegue. SpaceGodzilla pousa no centro de Fukuoka e forma uma imensa fortaleza de cristais celestiais. M.O.G.U.E.R.A. chega para mais uma vez enfrentar SpaceGodzilla, mas ainda não é páreo para ele. Godzilla chega à Baía de Kagoshima e luta contra SpaceGodzilla, mas SpaceGodzilla facilmente toma a dianteira. O JSDF descobre que SpaceGodzilla está usando a Fukuoka Tower como um conversor de energia, usando-a para transformar o núcleo da Terra em uma energia que SpaceGodzilla pode absorver, lentamente matando o planeta. Enquanto Godzilla luta com SpaceGodzilla, M.O.G.E.R.A. se divide em dois mechas diferentes: o Star Falcon, um couraçado voador, e o Land M.O.G.U.E.R.A., um tanque com uma grande broca na frente. Os mechas danificam a fortaleza de cristal enquanto Godzilla derruba a Fukuoka Tower, cortando o fornecimento de energia de SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. se reformula rapidamente e lança os ombros de SpaceGodzilla, parecendo com cristais, enfraquecendo-o. SpaceGodzilla causa danos críticos a M.O.G.U.E.R.A., mas é subsequentemente incinerado pelo raio térmico atômico supercarregado de Godzilla. Godzilla retorna à Birth Island após Miki usar seus poderes psíquicos para remover o dispositivo de controle mental de seu pescoço. Little Godzilla é então libertado da prisão de cristal e começa a soprar pequenas bolhas radioativas.