Alex the Lion, Marty the Zebra, Melman the Giraffe, and Gloria the Hippo são amigos que passaram toda a vida no Zoo do Central Park, em Nova York. Quando Marty foge do zoológico para explorar o mundo exterior, Alex, Melman e Gloria tentam salvá-lo, mas os quatro animais e um grupo de pinguins são capturados e enviados num barco para a África. No entanto, o barco é sequestrado pelos pinguins para ir à Antártida, levando os animais do zoológico a terminar naufragando na ilha de Madagascar, onde precisam se adaptar ao novo ambiente.