Godzilla vs. MechaGodzilla II: În 1992, Națiunile Unite înființează Centrul privind contramăsurile împotriva lui Godzilla (UNGCC) pentru a opri Godzilla. Capul mecanic mijlociu al lui Mecha-King Ghidorah este recuperat de brațul militar al UNGCC, cunoscut ca G-Force, și este descifrat pentru a crea două mașini anti-Godzilla, prima fiind un zbor aerian de tip gunship numit Garuda și un mecha modelat după Godzilla numit Mechagodzilla. Doi ani mai târziu, într-o misiune către Insula Adona din Marea Bering, o echipă japoneză descoperă ceea ce cred a fi un ou uriaș de Pteranodon. Ouăle emite un semnal telepatic care atrage Godzilla și Rodan, un adult Pteranodon irradiat de deșeurile nucleare. Godzilla rănește grav pe Rodan în timpul bătăliei ce urmează, în timp ce echipa de cercetare fuge cu oul. Este dus la un centru de cercetare din Kyoto, unde se imprimă pe o tânără femeie om de știință. Când un Baby Godzilla iese din ou, echipa de cercetare concluzionează că oul a rămas în cuibul de Pteranodon cu Rodan într-un mod similar cu parazitismul de cuibărit practicat de cucii europeni. Godzilla apare în Japonia, răspunzând încă o dată chemării psihice a creaturii. JSDF mobilizează Mechagodzilla, care intercepthează Godzilla în timp ce acesta se îndreaptă spre Kyoto. Cele două se luptă, cu Mechagodzilla aparent având câmpul în mâna până când Godzilla dezactivează Mechagodzilla cu un puls de energie. Godzilla continuă să caute Baby, dar oamenii de știință, care au descoperit legătura telepatică dintre monștri, îl apără de Godzilla. Frustrat, Godzilla distruge cea mai mare parte a Kyoto-ului înainte de a se întoarce în ocean. Testele pe baby arată că acesta are un al doilea creier în șolduri care controlează mișcarea animalului. UNGCC presupune că același lucru este valabil și pentru Godzilla și decide să folosească Baby pentru a încuraja o luptă cu Mechagodzilla. „G-Crusher” este instalat la încheieturile lui Mechagodzilla, permițând robotului să pătrundă în pielea lui Godzilla și să paralizeze monstrul distrugând al doilea creier. Miki Saegusa, o tânără psihică, este desemnată să devină parte a echipajului lui Mechagodzilla și să localizeze creierul spinal al lui Godzilla. Ea este reticentă în a face acest lucru, din cauza legăturii sale mentale cu Godzilla (stabilită în Godzilla vs. Biollante), dar își urmează porunca. Planul se întoarce împotriva lor când Rodan, care a supraviețuit luptei cu Godzilla și a suferit mutații suplimentare prin radi­ație, răspunde la chemarea lui Baby și interceptează transportul UNGCC. UNGCC este nevoit să trimită Mechagodzilla și Garuda în urma lui Rodan în schimb și, în timpul bătăliei ce urmează, Rodan este rănit mortal. Godzilla apare la scurt timp și atace Mechagodzilla. Când cele două par să fie la egalitate, Mechagodzilla se combină cu Garuda. Mechagodzilla îmbunătățit, numit Super-Mechagodzilla, pune în practică planul G-Crusher și reușește să paralizeze Godzilla. Dintr-o dată, în plin deznodământ, Rodan-ul muribund, odată revigorat de chemarea lui Baby, începe să zboare spre Baby, dar este doborât de Mechagodzilla, prăbușindu-se deasupra lui Godzilla. Fluviul său vital regenerează al doilea creier al lui Godzilla și îl stimulează. Acum mai incontrolabil ca niciodată, Godzilla atacă și distruge Super-Mechagodzilla cu un fascicul atomic roșu spirală de înaltă putere. Godzilla își găsește în sfârșit Baby, care la început își teme monstrul uriaș. Miki comunică telepatic cu Baby, convingându-l să meargă cu Godzilla. Cei doi monștri se îndreaptă spre mare. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Celulele lui Godzilla aduse în spațiu de Biollante și Mothra sunt expuse la radiații intense provenite dintr-o gaură neagră, rezultând nașterea „SpaceGodzilla”, care se grăbește spre Pământ, distrugând în drum o stație Spațială NASA. Între timp, membri ai Centrului UNGCC sosesc pe Insula nașterii pentru a planta un dispozitiv de control mental asupra lui Godzilla. Cosmosul, cele două preotese din Mothra, par să o abordeze pe psihică Miki Saegusa și o avertizează despre sosirea lui SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), un mecha construit de JSDF pentru a înlocui Mechagodzilla, este trimis pentru a intercep SpaceGodzilla, dar suferă pagube în timpul operației. SpaceGodzilla aterizează pe Insula nașterii și atacă urmașul lui Godzilla, Little Godzilla. Godzilla intervine, dar se simte copleșit de SpaceGodzilla și este implicit incapabil să oprească clonarea acestuia să îl prizonereze pe Little Godzilla într-o închisoare de crystal. SpaceGodzilla pleacă spre Japonia având în urmărire pe Godzilla. Puțin mai târziu, yakuza o răpește pe Miki și o aduce înapoi la baza lor din Fukuoka, în încercarea de a utiliza abilitățile sale psihice pentru a câștiga control asupra lui Godzilla. Miki este salvată de o echipă de salvare înainte ca SpaceGodzilla să sosească. SpaceGodzilla aterizează în centrul din Fukuoka și formează o fascinantă fortăreață din cristale celeste. M.O.G.U.E.R.A. sosește pentru a lupta din nou cu SpaceGodzilla, dar nu este încă un adversar potrivit. Godzilla sosește în Kagoshima Bay și luptă SpaceGodzilla, dar SpaceGodzilla capătă ușor controlul. JSDF descoperă că SpaceGodzilla folosește Turnul Fukuoka ca un convertor de energie, folosind-l pentru a transforma miezul Pământului într-o energie pe care SpaceGodzilla o poate absorbi, ucigând încet planeta. În timp ce Godzilla se luptă cu SpaceGodzilla, M.O.G.E.R.A. se desparte în două mecha diferite: Star Falcon, o navă de luptă zburătoare, și Land M.O.G.U.E.R.A., un tanc cu o melte de foraj mare în față. Mechat-urile avară fortăreața de cristal în timp ce Godzilla dărâmă Turnul Fukuoka, tăindu-i sursa de energie a SpaceGodzilla. M.O.G.U.E.R.A. se reformează rapid și aruncă în afară formațiunile cristaline ale spaceimii, slăbind-o. SpaceGodzilla provoacă daune majore lui M.O.G.U.E.R.A., dar este în cele din urmă incinerat de rază atomică superîncărcată a lui Godzilla. Godzilla se întoarce pe Insula Nașterii după ce Miki folosește puterile sale psihice pentru a îndepărta dispozitivul de control mental din gâtul său. Little Godzilla este apoi eliberat din încapsularea de cristal și începe să sufle bule radioactive mici.