În viitorul apropiat, oamenii și mutanții se află în dezacord, fiecare îngrijorat de ceea ce ar putea aduce viitorul pentru speciile lor respective. Se pregătește un război, pe de o parte mutanții nesârguinți, conduși de puternicul și extrem de inteligentul Magneto (Ian McKellen), iar pe de altă parte senatorul american Kelly (Bruce Davison) și acei oameni care se tem de mutanți. La mijloc se află profesorul Charles Xavier (Patrick Stewart), un mutant cu abilitatea de a citi gânduri, șeful Școlii Xavier pentru Daruiți (adică mutanți) Copii, și liderul X-Men, un conglomerat puternic de mutanți cu abilități unice și puternice care luptă pentru dreptate și pace. Când o tânără fată, mai târziu denumită Rogue (Anna Paquin, The Piano), fuge de acasă după ce descoperă puterea mortală a mutației sale, o întâlnește pe o figură misterioasă adânc în inima terenului de nimănui numită Logan (Hugh Jackman, Australia), însuși un mutant cu puteri de regenerare. Cei doi sunt implicați într-o ambuscadă pregătită de bătăia lui Magneto, dar scapă atunci când sunt salvați de doi X-Men, Cyclops (James Marsden) și Storm (Halle Berry). Logan și Rogue sunt aduși înapoi la cartierul general X-Men unde sunt tratați de Dr. Jean Grey (Famke Janssen) și li se permite să rămână. Când planurile lui Magneto pentru atacul asupra lui Logan și Rogue ies la iveală, echipa trebuie să încerce să împiedice răufăcătorul să pună la cale o schemă care ar putea declanșa un război cu omenirea — și ar costa viața unuia dintre ei.