Cu Magneto (Ian McKellen) închis într-o celulă de detenție specială, dar sentimentul anti-mutant este în plin, X2 începe cu o infiltrație a mutantelor în Casa Albă, unde este transmis un mesaj clar -- „Libertatea mutantului acum.” Profesorul Xavier (Patrick Stewart) și echipa pornesc în căutarea adevărului despre scopul adevărat al atacului -- și cine se află în spatele lui. Storm (Halle Berry) și Dr. Jean Gray (Famke Janssen) descoperă identitatea atacatorului, un mutant fost dansator de circ numit Nightcrawler (Alan Cumming) cu abilitatea de a se teleporta. Între timp, Xavier și Cyclops (James Marsden) fac o vizită unui vechi prieten -- Magneto -- și descoperă o intrigă pusă la cale de William Stryker (Brian Cox), un om cu ourez personal împotriva mutantilor și a lui Profesor Xavier, menită să distrugă toți mutantii folosind puterile lui Xavier împotriva lor. Este treaba lui Wolverine (Hugh Jackman), Rogue (Anna Paquin) și a echipei X-Men -- alături de câțiva aliați surpriză -- să oprească pe Stryker înainte să fie prea târziu.