Godzilla vs. MechaGodzilla II: Leta 1992 Združeni narodi vzpostavijo Center za protibogomodno ukrepanje (UNGCC), da bi ustavili Godzillo. Mecha-King Ghidorahov običajni srednji glavič je v UNGCC-jevo vojaško vejo, znano kot G-Force, rekovertiran za ustvarjanje dveh anti-Godzilla naprav, prva je zračni topniško plovilo Garuda, druga pa mecha po vzoru Godzille imenovan Mechagodzilla. Dve leti kasneje, na misiji na otoku Adona v Beringovem morju, jo japonska ekipa najde nekaj, za kar mislijo, da je velik izvor ptičje pterano dentalne jajce. Jajce oddaja telepatski signal, ki pritegne Godzillo in Rodana, odraslega Pteranodona, izpostavljenega jedrnemu odpadku. Godzilla hudo ranjuje Rodana med nadaljevalnim spopadom, medtem ko raziskovalna ekipa pobegne z jajcem. Preneseno je v raziskovalni center v Kyoto, kjer se vpiše na mlado žensko znanstvenico. Ko iz jajca izleze Baby Godzilla, raziskovalna ekipa sklepa, da je bilo jajce pusteno v gnezdu Pteranodona s Ro danom na način, podoben parazitizmu mladičev, ki ga prikazujejo evropski kukavice. Godzilla se pojavi na Japonskem, znova se odziva na duševni klic ustvarjene. JSDF mobilizira Mechagodzilla, ki prestreže Godzillo, ko ta namenja proti Kyotu. Dva sta v boju, pri čemer se zdi, da Mechagodzilla ima premoč, dokler Godzilla ne onemogoči Mechagodzille z energijskim impulzom. Godzilla nadaljuje iskanje Baby, vendar znanstveniki, ki so odkrili telepatsko povezavo med dvoji, ščitijo otroka pred Godzillo. Frustriran Godzilla uničuje večino Kyota, preden se vrne v ocean. Testi na otroku razkrijejo, da ima drugi možgani v svojih bokih, ki nadzoruje gibanje živali. UNGCC domneva, da to drži tudi za Godzillo in se odloči uporabiti Baby kot nabor proti Godzilli v boju z Mechagodzillo. Na zapestjih Mechagodzille je nameščen “G-Crusher”, ki robotu omogoča, da prodre skozi kožo Godzille in ga paralizira z uničenjem njegovega drugega možgana. Miki Saegusa, mlada psihičarka, je naročena, da postane del posadke Mechagodzille in najde Godzillin hrbtenični možgane. Ne želi to storiti zaradi mentalne povezave z Godzillo (uveljavljene v Godzilla vs. Biollante), vendar sledi navodilom. Načrt se povrne, ko Rodan, ki je preživel boj z Godzillo in je dodatno mutiran z radijacijo, odgovori na Babyjev klic in prestreže UNGCC-jev transport. UNGCC mora poslati Mechagodzillo in Garudo za Rodana namesto in v naslednjem boju Rodan ostane smrtno ranjen. Godzilla se zelo kmalu pojavi in napade Mechagodzillo. Ko se zdi, da sta enakovredna, Mechagodzilla se združi z Garudom. Nadgrajena Mechagodzilla, imenovana Super-Mechagodzilla, izvede načrt G-Crusher in uspe v paralizi Godzille. Nenadoma, umirajoči Rodan, ponovno oživljen s klicem Baby, začne leteti proti Babyju, vendar ga ustreli Mechagodzilla, ki ga zruši na vrh Godzille. Življenjska sila Rodana regenerira drugi možgani Godzille in ga prekomerno napolni. Zdaj bolj neustavljiv kot prej, Godzilla napade in uniči Super-Mechagodzilla z visoko močnim rdečim spiralnim atomske žarke. Godzilla najde Baby, ki se na začetku boji velikanskega pošasti. Miki telepatsko komunicira z Baby in ga prepriča, naj gre z Godzillo. Dva pošasti odideta v morje. Godzilla vs. SpaceGodzilla: Godzilline celice, prinesene v prostor s strani Biollante in Mothra, so izpostavljene intenzivni radijaciji iz črne luknje, kar prinese roj SpaceGodzille, ki hitro odide na Zemljo in uniči vesoljsko postajo NASA. Medtem na Birth Island prispejo člani Centra za protibogomodne ukrepanje ZN, da na Godzillo namestijo napravo za nadzor uma. Cosmos, dvojni svečenici Mothre, se zdi psihninji Miki Saegusa in jo opozarjajo na prihod SpaceGodzille. M.O.G.U.E.R.A. (Mobile Operations G-Force Universal Expert Robot: Aero-type), mecha, ki jo je JSDF zgradil, da nadomesti Mechagodzillo, se pošlje v prestrezanje SpaceGodzille, vendar utrpi poškodbe. SpaceGodzilla pristane na Birth Island in napade potomce Godzille, Little Godzilla. Godzilla poseže, a se znajde preplavljen s SpaceGodzillo in nemočen, da bi ustavil svoj klon, ki ujame Little Godzilla v kristalnem zaporu. SpaceGodzilla odide proti Japonski, Godzilla jo sledi. Kmalu nato ugrablijo Miki od strani yakuze in jo prinesejo nazaj v njihovo bazo v Fukuoki, da bi izkoristili njene psihične sposobnosti za pridobitev nadzora nad Godzillo. Miki jo reši reševalna ekipa pred prihodom SpaceGodzille. SpaceGodzilla pristane v središču Fukuoke in oblikuje masivno trdnjo iz nebesnih kristalov. M.O.G.U.E.R.A. prispe, da bi se znova borila proti SpaceGodzille, vendar se z njo ne more kosati. Godzilla prispe v Kagoshima zaliv in se bori SpaceGodzillo, a SpaceGodzilla zlahka poda njen prevladujoč nadzor. JSDF odkriva, da SpaceGodzilla uporablja Fukuoka Tower kot pretvorbo energije, s čimer pretvarja Zemljino jedro v energijo, ki jo SpaceGodzilla lahko absorbira, postopno ubija planet. Medtem ko se Godzilla trudi s SpaceGodzillo, M.O.G.E.R.A. se razdeli na dve različni meši: Star Falcon, plavajoč bojevniška ladja, in Land M.O.G.U.E.R.A., tenk z velikim vrtalnikom spredaj. Mehe spihajo kristalno trdnjo, medtem ko Godzilla prevrne Fukuoko Tower in prekine energetskega oskrbe SpaceGodzille. M.O.G.U.E.R.A. se hitro ponovno formira in izstreljuje SpaceGodzilli travnate oblike rame, jo oslabi. SpaceGodzilla hudo poškoduje M.O.G.U.E.R.A., vendar ga kasneje spolzi Godzillinim super napolnjenim atomsko vročim žarkom. Godzilla se vrne na Birth Island po tem, ko Miki uporabi svoje psihične moči, da odstrani nadzor uma z njenega vratu. Little Godzilla je nato osvobojen iz kristalnega zapora in začne ustvarjati majhne radioaktivne mehurčke.