V bližnji prihodnosti so človeštvo in mutanti na robu spora, pri čemer vsak razmišlja, kaj prihodnost prinaša za svojo vrsto. Vzvalja se vojna: na eni strani ne povsem pošteni mutanti, na čelu z močnim in izjemno inteligentnim Magnetom (Ian McKellen), na drugi strani ameriški senator Kelly (Bruce Davison) in tisti človeški, ki se bojijo mutantov. V sredini je profesor Charles Xavier (Patrick Stewart), mutant s sposobnostjo branja misli, vodja Xavier School for Gifted (tj. mutanti) Youngsters in vodja X-Men, močnega konglomerata mutantov z edinstvenimi in močnimi sposobnostmi, ki se borijo za pravičnost in mir. Ko mlada deklica, kasneje imenovana Rogue (Anna Paquin, The Piano), pobegne od doma po tem, ko odkrije smrtonosno moč svoje mutacije, spozna skrivnostno osebo s srca ničesar zemlje po imenu Logan (Hugh Jackman, Avstralija), sam mutant z regenerativnimi močmi. Dvojico presenetijo Magnetove roparice, a pobegnejo, ko ju rešita dva X-Men, Cyclops (James Marsden) in Storm (Halle Berry). Logan in Rogue sta vrnjena na štab X-Men, kjer ju zdravita dr. Jean Grey (Famke Janssen) in jima dovolita ostati. Ko postane Magnetov načrt napada na Logana in Rogue razviden, mora ekipa poskusiti preprečiti zlikovcu, da izstreli načrt, ki bi lahko sprožil vojno z človekom — in stal življenje enega od njih.